Во-вторых, Конституция и Закон о прокуратуре не содержат норм о подчинении Генерального прокурора Президенту. Статья 129 Конституции устанавливает, что систему органов прокуратуры возглавляет Генеральный прокурор. Генеральный прокурор назначается на должность и освобождается от должности Советом Федерации по представлению Президента.
В-третьих, утверждение, что прокуратура находится вне какой-либо из ветвей власти, противоречит положению Конституции о разделении властей. Поскольку если какой-либо орган обладает одновременно, к примеру, законодательными и исполнительными полномочиями, то власть не разделена.
Наконец, п. 2 ст. 4 ФЗ о прокуратуре устанавливает, что органы прокуратуры осуществляют полномочия независимо от федеральных органов государственной власти, органов государственной власти субъектов РФ, органов местного самоуправления, общественных объединений и в строгом соответствии с действующими на территории России законами. Также ст. 5 того же закона провозглашает, что воздействие в какой-либо форме федеральных органов государственной власти, органов государственной власти субъектов РФ, органов местного самоуправления, общественных объединений, средств массовой информации, их представителей, а также должностных лиц на прокурора или следователя с целью повлиять на принимаемое им решение или воспрепятствование в какой-либо форме его деятельности влечет за собой установленную законом ответственность». Президент РФ является федеральным государственным органом, следовательно, данные ограничения распространяются и на него.
Особое внимание хотелось обратить на высказывание В. М. Простовой о том, что прокуратура является механизмом реализации полномочий Президента. Нужно признать, что такие выводы не лишены оснований. В пользу данной гипотезы говорит ряд постановлений Конституционного Суда, в которых неоднократно утверждалось, что в случаях, когда Конституция прямо не предусматривает определенное полномочие за каким-либо органом, спорное полномочие принадлежит Президенту.[14] Что касается прокуратуры, то интересна позиция, выраженная Судом в Постановлении от 1 декабря 1999 г. № 17-П «По спору о компетенции между Советом Федерации и Президентом Российской Федерации относительно принадлежности полномочия по изданию акта о временном отстранении Генерального прокурора Российской Федерации от должности в связи с возбуждением в отношении него уголовного дела».