Конституционный Суд по данному делу постановил, что рассматриваемым полномочием обладает Президент РФ. Хотя именно Совет Федерации по представлению Президента назначает гражданина на должность Генерального прокурора и освобождает от нее.
Объяснил свою позицию Конституционный Суд следующим образом. Прежде всего Конституция прямо не наделяет Совет Федерации полномочием по временному отстранению прокурора в связи с возбуждением в отношении него уголовного дела. Далее, Совет Федерации – коллегиальный орган, принимающий решения большинством голосов от общего числа членов, который рассматривает такие вопросы, которые предполагают возможность выбора и обоснование целесообразности вариантов решения. Поэтому принимать решение об отстранении Генерального прокурора от должности этот орган не может.
Президент же, как отмечает Конституционный Суд, в силу своего конституционного статуса главы государства обязан издавать обеспечивающие исполнение Конституции и законов правовые акты (ст. 90 Конституции) во всех случаях, когда отсутствуют иные предназначенные для этого механизмы. В частности, Конституционный Суд считает, что именно Президент обязан издать акт о временном отстранении Генерального прокурора от должности.
Однако не все судьи Конституционного Суда согласились с таким решением. Так, противоположную решению точку зрения высказал судья В. О. Лучин в своем особом мнении. Он посчитал неубедительными доводы решения о том, что рассматриваемым полномочием не может обладать Совет Федерации потому, что он является коллегиальным органом. В. О. Лучин пишет: «Невозможно с конституционных позиций объяснить, почему Совет Федерации вправе освободить, но не вправе по тем же основаниям временно отстранить Генерального прокурора от должности». Именно Совет Федерации, по мнению В. О. Лучина, в отличие от Президента, наделен Конституцией ключевым, решающим для выполнения служебных функций Генеральным прокурором полномочием – назначением и освобождением от занимаемой должности. В. О. Лучин отмечает, что «в силу принципа a fortiori (кто управомочен или обязан к большему, тот управомочен или обязан к меньшему) принятие акта об отстранении от должности Генерального прокурора на период расследования возбужденного в отношении него уголовного дела входит в компетенцию Совета Федерации, а к компетенции Президента должно относиться внесение предложения по этому вопросу».