Вплоть до ареста в 1927 г. продолжал служить в Бирюлинской церкви священник-миссионер Стефан Чевалков. В 1929 г. он был арестован вторично, из тюрьмы уже не вернулся. Тогда же был арестован весь причт улалинского храма Всемилостивого Спаса.
К середине 1930-х гг. на территории Горного Алтая не осталось ни одного действующего миссионерского стана или прихода. До революции их насчитывалось более тридцати. Окормлением немногочисленных православных Горного Алтая занималось бийское духовенство: Покровского храма (до разрушения церкви в начале 1960-х гг.) и Успенского.
Хотя храмы были закрыты и уничтожены, но остались люди, которые хранили веру православную. Многие добирались из далеких горных уголков до Бийска на двунадесятые праздники. А если невозможно было доехать до Бийска, то собирались у мест, где стояли некогда храмы (как было, например, в селе Иня Онгудайского района Республики Алтай). Если было опасно собираться на видном месте у закрытых храмов, то ходили к местам, каким-то образом связанным с миссионерами-священниками. Интересен пример жителей с. Матурского. После закрытия стана и женской общины священник (имя его, к сожалению, забыто) удалился в лес, где жил в вырытой собственноручно пещере. Рядом с пещерой он установил и освятил крест. Разумеется, священник вскоре был арестован, но местные жители ежегодно на Пасху приходили к кресту молиться. В годы хрущевских гонений крест сожгли, но верующие продолжали приходить на праздник теперь уже к остаткам сгоревшего креста. Стоит сказать, что и сегодня в наиболее отдаленных и труднодоступных местах Алтайских гор можно увидеть кресты, установленные алтайскими миссионерами. Так, в 2001 г. нам удалось обнаружить миссионерский крест на одной из вершин северного побережья Телецкого озера. Несколько миссионерских крестов находятся в Улаганском районе, где ныне совершает служение игумен Макарий (Чулунов). Таким образом, Церковь сохранилась в Горном Алтае, хотя и вынуждена была существовать в «катакомбных» условиях.
Долгими были годы гонений, но связь времен не прервалась. Сегодня живы еще те, кто помнит, как проповедовали миссионеры, как совершались богослужения в миссионерских храмах, как посещал Алтай святитель Макарий (Невский). Среди них Татьяна Давыдовна Тозыякова (1910) и Петр Степанович Чевалков (1913) – сын священника Стефана Чевалкова; он служил пономарем в храме отца.