В познании природы – в условиях недоверия к разуму и науке стал развиваться своеобразный «схоластический эмпиризм». Французский культуролог М. Фуко приводит чрезвычайно характерный образец такого рода: в трактат о змеях, помимо чисто естественнонаучных сведений, входили также описания чудес и пророчеств, связанных с тайными знаками Змеи, Змееносца, Дракона (название созвездий), описания геральдических знаков и так далее. Такой подход вполне соответствовал «книжному» характеру средневековой культуры. Исследования «книги природы», соответственно, сводятся теперь к расшифровке божественного замысла – к поиску различных «симпатий» и «антипатий» в природе, глубоко скрытых соответствий между вещами и их именами и знаками. Так, целительное действие снадобья от головной боли из грецких орехов объяснялось «симпатией» между строением ореха и головного мозга. Ученый представлялся как маг и чародей, выявляющий тайные знаки, символы и предзнаменования (отчего и вечные подозрения в связях с дьяволом). Ведущее место в средневековом познании природы и всем образе жизни занимали астрология и алхимия – характернейшие феномены культуры той эпохи.
Символическое содержание было присуще в той же мере и произведениям искусства, включавшим (вплоть до XVII в.) одновременно четыре смысла – прямой, аллегорический, морально-назидательный и тайный. К числу важнейших символов относилось зеркало – как око, направленное сразу и во внутренний и внешний мир. Раскрытие тайного смысла вещей позволяло объяснить, почему существуют четыре стороны света и столько же времен года, истолковывать суеверные представления о звездах и минералах.
Шаг за шагом замешенный на страхах, благоговейном суеверии интерес к чудесам, происходящим в окружающем средневекового человека мире, переосмысливался таким образом, что подлинным чудом является размеренность и организованность мира, и такое «непрерывное чудо» в значительно большей степени выражает божественное могущество и мудрость, чем отдельные непонятные чудеса. Если своеобразным кредо (лат. – верую) раннего средневековья было «верую, ибо абсурдно» (Тертуллиан), затем его сменило «верую, чтобы разуметь» (Ансельм Кентерберийский) и, наконец, в позднем средневековье оно приняло вид: «разумею, чтобы уверовать» (Абеляр).