Большое число крупных оригинальных, специализированных исследований и производственных работ по программированию, которые были связаны с созданием оборонной техники для авиации, космических, ракетных, морских и наземных систем, долгое время оставались секретными. Они охватывали множество сложнейших вычислительных задач, а также специфические задачи управления и обработки информации в динамических оборонных системах реального времени. Этот класс задач был не актуальным и недоступным для индивидуальных программистов в вузах и научных учреждениях, практически не упоминался в открытой печати, однако в 60-е годы и в дальнейшем ими были заняты в стране сотни тысяч специалистов, связанных с созданием сложных программ для ЭВМ.
Сергей Алексеевич Лебедев являлся инициатором внедрения электронной вы числительной техники в оборонные системы: в радиолокацию, ракетостроение и системы передачи данных. По его инициативе впервые в СССР, а возможно и в мире, проведены работы по фиксированию данных с радиолокационных станций сопровождения целей в цифровом виде и по передаче управляющей информации для наведения самолета или ракеты на цель. Преимущества вычислительной техники в системах военного применения были впервые продемонстрированы под руководством С.А. Лебедева в «Системе А» – экспериментальной системе противоракетной обороны (ПРО). Данный комплекс управлял радиолокационной станцией дальнего обнаружения и сопровождения цели и точного наведения противоракеты на баллистическую ракету противника [8, 9]. Были разработаны принципы построения вычислительных средств противоракетной обороны и создан высокопроизводительный вычислительный комплекс для решения задач высококачественного автоматического управления сложными, разнесенными в пространстве объектами, работающими в реальном масштабе времени. В его состав входили ЭВМ М-40, радиолокаторы обнаружения и сопровождения цели, радиорелейные линии передачи данных в замкнутой системе точного наведения ракеты, система контрольно-измерительной аппаратуры. ЭВМ М-40 начала выполнять сложные боевые задачи в 1957-м году. Впервые были предложены принципы распараллеливания вычислительного процесса за счет аппаратных средств. В марте 1961 года на этом комплексе впервые в мире была ликвидирована боевая часть баллистической ракеты осколочным зарядом противоракеты. За эти работы коллектив ведущих разработчиков комплекса, в том числе С.А. Лебедев и В.С. Бурцев, был удостоен Ленинской премии. ЭВМ М-50, введенная в строй в 1959 году, и явилась модификацией ЭВМ М-40, обеспечивающей выполнение операций с плавающей запятой и рассчитанной на применение в качестве универсальной ЭВМ. На базе М-40 и М-50 был создан двухмашинный комплекс.