ГПК РФ, так же как и УПК РФ, не ограничивает производство судебных экспертиз рамками лишь государственных судебно-экспертных учреждений. Используемое в ст. 79 ГПК РФ понятие «судебно-экспертное учреждение» охватывает как государственные, так и иные учреждения, т. е. негосударственные, которые, как правило, именуются не учреждениями, а организациями. Принятие Федерального закона «О государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации» сформировало у некоторых экспертов и даже судей ложное представление о том, что судебной экспертизе придан статус государственной. Часть 2 ст. 52 ранее действовавших Основ законодательства РФ об охране здоровья граждан, согласно которой СПЭ могла производиться в учреждениях лишь государственной системы здравоохранения, противоречила нормам ГПК РФ и по смыслу определения Кассационной коллегии Верховного Суда РФ от 16 сентября 2004 г. №КАС04-451 не подлежала применению[21].
Государственные судебно-экспертными учреждениями – это специализированные учреждения (подразделения) федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов РФ, предусмотренные ст. 11 Федерального закона «О государственной судебно-экспертной деятельности в Российской Федерации». СПЭ производится в отделениях судебно-психиатрической экспертизы государственных психиатрических учреждений. Эксперты, работающие в этих отделениях, проводят СПЭ в порядке исполнения своих должностных обязанностей.[22] СПЭ производится в 142 психиатрических учреждениях: 91 психиатрической больнице (в Архангельской, Московской, Курской, Рязанской областях и Хабаровском крае на базе больниц развернуто 5 региональных центров СПЭ), 50 ПНД и ГНЦ ССП им. В.П. Сербского.
Согласно разъяснениям, содержащимся в постановлении Пленума Верховного Суда РФ от 21 декабря 2010 г. № 28 «О судебной экспертизе по уголовным делам», под негосударственными судебно-экспертными учреждениями следует понимать некоммерческие организации (некоммерческие партнерства, частные учреждения или автономные некоммерческие организации), созданные в соответствии с ГК РФ и Федеральным законом «О некоммерческих организациях», осуществляющие судебно-экспертную деятельность в соответствии с принятыми ими уставами.
Экспертами из числа лиц, не работающих в судебно-экспертных учреждениях, как следует из постановления Пленума Верховного Суда РФ, могут быть сотрудники научно-исследовательских учреждений, вузов, иных организаций, обладающие такими знаниями и имеющие в распоряжении необходимое экспертное оборудование.