В 1597 г. последовал новый, гораздо более строгий эдикт против христиан. Настал час их жестоких гонений. В феврале 1597 г. была арестована, а затем распята на крестах целая группа францисканцев, в том числе и вновь обращённые японцы. Забегая вперёд, отметим, что в последующие годы число казнённых христиан составляло от двух до восьми человек в год (кроме 1605 г., когда был уничтожен целый семейный клан Ямагути – 102 человека) и достигло к 1612 г. 132 человек. Все они были японцами.[107]
Преемник Тоётоми Хидэёси, сёгун Токугава Иэясу (1542–1616), опять же ради выгод торговли, решил восстановить дружеские отношения с европейцами и разрешил им миссионерскую деятельность. Он обратился к губернатору Филиппин, предлагая сотрудничество и давая понять, что не будет строг в отношении христиан. Но вскоре Токугава (а позже и его наследники), как и Тоётоми, видимо, осознал, что распространение христианства, на первый взгляд безобидного, влечёт за собой эрозию религиозно-нравственных представлений синтоизма, конфуцианства и буддизма, на которых зиждилось социальное и духовное единство управляемого им народа.
С 1614 по 1639 гг. последовала серия эдиктов, показывающих, что сёгунское правительство – бакуфу пошло на ослабление своих позиций в экономике ради пресечения «идеологической» опасности. Торговые отношения с Западом, ставшие к тому времени прерогативой бакуфу, были почти полностью прекращены, а все иностранцы выдворены из страны, за исключением небольшой колонии голландцев-протестантов на о-ве Дэсима.
Преследования же собственных христиан возобновились с ещё большей силой и достигли пика в 1625 г.[108] В 1638 г. было жестоко подавлено 37-тысячное восстание на п-ове Симабара, руководимое христианами. Христианство искоренялось огнём и мечом. Казни продолжались до 1660 г., так или иначе подверглись наказанию 200 тыс. человек. Около ста тысяч продолжали исповедовать христианство тайно, их приютами стали небольшие острова Японского архипелага.
Надо сказать, японские адепты Христа стойко вынесли всю тяжесть обрушившихся на них репрессий и на протяжении более чем 220-летнего периода закрытия страны, передавая из поколения в поколение христианские заветы, смогли сохранить свою веру.[109] В связи с этим важно было бы отметить разницу в отношении к европейцам, их культуре, существовавшую между Китаем и Японией как в сфере официальной политики, так и в сознании простого народа. Деловая активность японцев и их очевидный интерес к христианству являют собой контраст равнодушию к европейцам со стороны Китая, где к началу XVIII в. было «христианизировано» лишь 100 тыс. человек – мизерная цифра для такой огромной страны.