Как писатель-натуралист, Золя включает семью Ругон-Маккаров в ряд природных явлений и подчиняет ее действия общим законам природы. Но одновременно выделяет социальный мир, общество из мира природы, осознавая автономность существующих в нем отношений и факторов; они у Золя, так сказать, действуют параллельно с природными, не растворяясь в них. Семья для него – это клетка «социального организма», подлежащего действию как биологических, так и социальных законов.
Следует указать на существенное отличие биологизма Золя по сравнению с биологизмом многих поздних натуралистов, испытавших сильное влияние социального дарвинизма, который механически распространял на общество законы живой природы – борьбу за существование, естественный отбор и т. д., и это приводило к подмене общественных законов биологическими. Золя же интересовало прежде всего (если не исключительно) действие механизма наследственности, и именно раскрытие его составляло основную «научную проблему» цикла. Писатель ставил своей непременной задачей найти «генетический код» каждого персонажа и показать его в действии – как он проявляется в склонностях и пристрастиях, в характерах и поступках, в жизненных судьбах разных членов семьи. Да и весь огромный сериал должен был продемонстрировать неумолимое действие закона наследственности – в том, как в конечном итоге по-разному складывались судьбы потомков Ругона, имевших здоровую наследственность, и потомков Маккара с неполноценной наследственностью, пораженной алкоголизмом. Нельзя забывать и о том, что наследственности Золя не придавал абсолютного значения – это «следствие скрещивания наследственных влияний и неодинакового образа жизни», то есть общественной среды.
Не менее важной задачей Золя было «изучить всю Вторую империю», «воплотить в типах современное общество», изобразить целый «социальный возраст человечества». А это уже не что иное, как продолжение бальзаковской традиции, бальзаковской социальной эпики, и не случайно, как свидетельствуют очевидцы, на рабочем столе Золя лежали тома «Человеческой комедии» – для вдохновляющего примера. Вместе с тем Золя беспокоился, чтобы «Ругон-Маккары» не производили впечатления простого продолжения «Человеческой комедии», отсюда его заметки «Различия между Бальзаком и мной». Основным отличием Золя считал то, что сам он последовательно придерживается «научного метода», тогда как создатель «Человеческой комедии» грешил романтизмом; отмечал он также и структурно-композиционные различия, указывая на то, что главным героем «Ругон-Маккаров» выступает одна семья, тогда как «книги Бальзака заселяет весь мир».