Во время 3-й англо-голландской войны Дюкен участвовал в нескольких сражениях, но ему не предоставляли самостоятельности, поручая командование лишь частью авангарда. В 1672–1673 годах моряк с успехом сражался с голландским адмиралом Тромпом и Рюйтером в Ла-Манше и нидерландских водах.
В 1674 году в Мессине вспыхнуло восстание против испанского владычества, и Людовик XIV, искавший союзников, решил поддержать Мессину. Командование эскадрой поручили маршалу Вивонну, но на самом деле командовал Дюкен. 11 февраля 1675 года произошла встреча 8 французских кораблей с 20 кораблями и 17 галерами испанцев. Дюкен решительно отражал натиск, пока из Мессины не подошла эскадра Вальбеля. Тогда генерал-лейтенант перешел в атаку и заставил испанцев отступить. В августе того же года Дюкен взял Агосту на Сицилии, а затем с большей частью флота отправился в Тулон, чтобы усилить эскадру и доставить в Мессину продовольствие и подкрепления.
7 января 1676 года голландцы, у которых было 19 кораблей, в том числе один испанский, и 4 брандера, увидели 20 линейных кораблей и 6 брандеров Дюкена. Первый день прошел в маневрировании. Сражение при Стромболи начал Дюкен, линия судов которого под некоторым углом спустилась на неприятельскую. Вступая в бой один за другим, корабли последовательно подвергались обстрелу противника. Французский авангард врезался в середину голландского. При этом сильно пострадали два французских головных корабля, а слишком тесно построенные корабли авангарда мешали друг другу вести огонь. Дюкен справился с беспорядком и вступил в сражение с голландским флотом, все корабли которого упорно сражались. Французские корабли не смогли помешать и испанским галерам, которые увели на буксире поврежденные голландские корабли.
Вторая встреча эскадр произошла у Агосты. Дюкен имел 33 корабля и 8 брандеров, союзники – 29 кораблей, 10 галер и 4 брандера. Рана, которую получил Рюйтер, побудила союзный флот укрыться в бухте Палермо. Через неделю Рюйтер умер.
2 июня 1676 года Дюкен атаковал при Палермо и сжег после боя 12 голландских и испанских кораблей. Этой победой французский флот надолго обеспечил господство на Средиземном море. В том же году Дюкен истребил близ берегов Сицилии почти весь испано-голландский флот. Однако, несмотря на успехи флотоводца, как только английский король в 1678 году выступил против Франции, Людовик XIV ушел из Сицилии.