На третий год войны – в 429 году до н. э. Перикл умер от чумы. После этого к власти пришли более радикальные демократы, которые активизировали ход Пелопоннесской войны. В 425 году афиняне захватили удобную и важную гавань Пилос в Мессинии. В ответ спартанцы захватили остров Сфактерию у входа в пилосскую гавань. Афиняне в течение 72 дней блокировали остров, а затем, высадившись на Сфактерию ночью, разгромили спартанцев. Оставшиеся в живых 292 спартанца сдались в плен.
В 421 году спартанское войско вторглось во Фракию. После сражения под Амфиполем, в котором Лисандр должен был принимать участие как один из спартанских военачальников, был подписан Никиев мир. Но уже через год лидером афинской демократии стал Алкивиад, аристократ и родственник Перикла. Афиняне решили предпринять большой морской поход в Сицилию.
В ходе Пелопоннесской войны Алкивиад перешел на сторону Спарты, и по его совету спартанцы заняли Декелею – важный стратегический район севернее Афин. 20 тысяч рабов, трудившихся в хозяйствах афинян на равнине Аттики, встали на сторону врагов своих хозяев. Тем временем военная экспедиция на остров Сицилию потерпела поражение – афинскому войску и флоту не удалось овладеть богатыми Сиракузами. Многие афиняне попали в плен и были проданы в рабство, а их стратегов казнили.
Как флотоводец и полководец, Лисандр появился на сцене Пелопоннесской войны в 407 году до н. э. В тот год он возглавил спартанский флот, который нес на своем борту многочисленные десантные отряды.
В 407 году у мыса Нотий около Эфеса состоялось первое крупное морское сражение в этой войне. Пелопоннесским флотом командовал Лисандр, афинским, который блокировал эфесскую гавань, – Алкивиад, вновь ставший противником Спарты.
Триерам Лисандра удалось в ходе сражения вывести из строя 15 кораблей противника, после чего афинский флот покинул гавань Эфеса.
После одержанной победы Лисандру пришлось оставить пост флотоводца и передать его Калликрату – законы Спарты разрешали командовать флотом только один год.
Тем временем политическим лидером Афин стал демократ Клефонт. Приложив немало сил и средств, афиняне увеличили свой флот до 150 судов и сумели в следующем, 406 году одержать морскую победу над Калликратом у острова Лесбоса близ Матилены. Афиняне, которыми командовал Канон, в сражении потеряли 25, а спартанцы – 77 триер. Однако это была последняя крупная победа флота Афин над морскими силами Спарты.