Решающее морское сражение Пелопоннесской войны состоялось осенью 405 года у берегов Фракии. Под командованием Лисандра находилось 170 кораблей. Его противник Канон имел под своим командованием 180 триер. Стороны имели примерно равные силы, и поэтому исход битвы во многом зависел от искусства древнегреческих флотоводцев.
Афинский флот к началу сражения находился в Эгоспотамах, напротив Лимпсака, где стоял пелопоннесский флот. Лисандр вел постоянное наблюдение за Эгоспотамами и в конце концов дождался удобного момента для атаки. Узнав, что небольшая часть афинских триер отделилась от флота Канона, он приказал спартанским кораблям незамедлительно атаковать противника. Вновь, как и в сражении у мыса Нотий, спартанцам удалось застать афинян врасплох и взять на абордаж почти все их корабли, стоявшие в гавани, экипажи которых в своем большинстве находились на берегу. Спартанцы жестоко расправились с побежденными: все захваченные в плен афиняне были убиты.
Поражение при Эгоспотамах положило конец морскому могуществу Афинского государства и приблизило конец Пелопоннесской войны. Теперь на море господствовал флот Спарты.
После побед на море Лисандр возглавил сухопутные войска Спарты и ее союзников и захватил несколько полисов на Геллеспонте и во Фракии, в которых поставил у власти своих наместников. Круг союзников демократических Афин неумолимо сужался под ударами морских и сухопутных сил Пелопоннесского союза.
В конце концов усилия Лисандра увенчались полным успехом. В 405–404 годах до н. э. флот и армия Пелопоннеского союза осадили Афины с моря и суши.
Афины, защищенные высокими и мощными крепостными стенами, были почти неуязвимы с суши. Однако этого нельзя было сказать об афинских морских воротах Пирее, которые были открыты со стороны моря. Осенью 405 года корабли Лисандра блокировали пирейский порт.
Афиняне были преисполнены решимости выстоять в осаде и переломить ход войны. Но запасов продовольствия в городе было очень мало. Вместе с голодом начались эпидемии, от которых умерло много людей. В апреле 404 года Афины после шестимесячной осады капитулировали перед Спартой. Условия мира, продиктованные им Лисандром, были крайне суровы и унизительны. Они преследовали одну цель – уничтожить военное и политическое могущество поверженного противника. Афинский морской союз прекратил свое существование.