Церкви был нужен патриарх. Не мудрствуя лукаво, Мехмед II назначил монаха Геннадия константинопольским патриархом, поскольку «тень бога» могла обойтись и без всяких там соборов.
Интронизация патриарха состоялась в первых числах января 1454 г. в церкви Святых Апостолов, поскольку Святая София была уже обращена в мечеть. 6 января Геннадий получил от султана знаки его служения – мантию, пастырский жезл и наперсный крест. Подлинный же крест был утерян: то ли константинопольский патриарх Григорий Маммас, уезжая в Рим, прихватил его с собой, то ли он пропал во время штурма города. Поэтому Мехмед даровал новый крест – серебряный с позолотой. При поставлении патриарха он сказал: «Будь патриархом, пусть тебе сопутствует удача, и будь уверен в нашем расположении, обладай всеми привилегиями, которыми пользовались патриархи до тебя».
Замечу, что никаких документов, определявших роль православной церкви в Оттоманской империи, до нас не дошло, хотя греческое духовенство весьма невнятно ссылается на какие-то султанские фирманы.
Как бы то ни было, сложилась практика – патриарх по согласовании с Синодом имел власть над церковной организацией, епископами и всеми церквями и монастырями, а также их имуществом. Султан только утверждал назначение епископов, но епископ не мог быть назначен или смещен без санкции патриарха и Синода. Только патриарший суд имел права в отношении клира. Турецкие власти без разрешения патриарха не имели права арестовывать или судить епископа. Патриарх по согласованию с Синодом контролировал все вопросы, связанные с догмами. Власть его над православными была почти абсолютной.
Патриарший суд решал все дела православных, связанные с их религией, как-то: браки, разводы, опекунство малолетних, завещания и наследство. Он же разбирал все финансовые споры между православными.
Христиане в Оттоманской империи облагались тяжелыми налогами, но клирики освобождались от них (иногда по своей воле они платили некоторые из податей). Патриарх мог собирать налоги с православных, а также деньги на нужды церкви. Жалобы на патриарха принимал только Синод, да и то лишь тогда, когда все члены Синода единогласно соглашались выслушать их.
Тем не менее периодически султан и его чиновники грубо вмешивались в дела церкви и христианской общины. Так, Мехмед II вскоре отобрал у Геннадия храм Святых Апостолов, при котором находилась патриархия, и обратил его в мечеть, а патриархию пришлось перенести в церковь Всеблаженной. Патриарха Иосафа Кокку (1466–1468) Мехмед лишил бороды и низложил за то, что тот не дал разрешения фавориту Мехмеда, греку, на новый брак при жизни законной жены. Когда появилось много соискателей на патриарший престол, то Мехмед II наложил подать (паскезию), уплачиваемую патриархами при вступлении на кафедру (с 1469 г.), и хараджу (с 1474 г.), уплачиваемую ежегодно.