Султан Мурад IV
Ну а преемники Мехмеда II периодически свергали патриархов и даже казнили их без суда и следствия. Так, Баязид I казнил в 1492 г. Иоанна Трапезундского, а в 1500 г. – Иоанна Эпирота. Как писал профессор Н.Д. Тальберг: «Низложения, ссылки, умерщвления патриархов – частые явления. В XVII веке патриарха Кирилла Лукариса, правившего с 1613 по 1638 год, по приказанию Мурада IV несколько раз ссылали в заточение и, наконец, задушили (1638). Патриарх Кирилл II также был задушен в 1639 г. Патриарх Парфений II, трижды правивший, был удавлен в 1650 г. Патриарх Парфений III (1656–1657) был удавлен, и прославляется греческой церковью как священномученик. С 1622 по 1700 год на патриаршем престоле сменилось 48 патриархов, причем некоторые из них по два, три и пять раз возводились на престол и свергались. Вообще редко случалась смерть правящего патриарха. Правда, греческие архиереи своими интригами часто давали повод туркам по их усмотрению распоряжаться патриаршим престолом. Но чаще к этому турок побуждало их корыстолюбие. Понадобятся султану или великому визирю деньги – они низлагают одного патриарха и ставят другого, который, по обычаю, вносит пескезий. Не внесет патриарх ежегодной подати, его низлагают и ставят другого, с которым повторяется та же история. Отправится патриарх, с разрешения правительства, в Россию для сбора пожертвований – его, по возвращении, обвиняют в измене, низлагают и отбирают имущество и т. п. Турецкое правительство, поступая так, довело патриаршее достоинство до крайнего унижения. Должность патриарха сделалась должностью чиновника, назначаемого и увольняемого правительством. При этом впоследствии утверждение патриархов производилось не султаном, а великим визирем. О жаловании патриархам из казны, которое назначил Мехмед II, теперь не было и речи.
Вообще все восточные христиане подвергались насилию и жестокости со стороны турок. Янычары во время бунтов прежде всего нападали на христиан. Так, в 1737 г., бунтовавшие янычары напали на патриархию и потребовали от патриарха Паисия II большую сумму денег. Не получив ее, они ворвались в храм, изрубили в куски св. мощи, вылили св. миро, попирали ногами Св. Дары, уничтожили много икон и т. п. От янычар не отставала и чернь, подстрекаемая муллами. Взрывы фанатической черни против христиан во всей турецкой империи в XVII и XVIII веках были нередкими и сопровождались избиением христианского населения.