В третий раз Мельгунов был арестован в марте 1919 года по ордеру Особого отдела ВЧК и выпущен всего лишь через десять дней под поручительство П. И. Скворцова-Степанова и П. М. Керженцева. Однако за это время с историком произошли два довольно любопытных инцидента.
Когда Мельгунова пришли арестовывать чекисты, для упрощения этой процедуры он предложил комиссару не проводить обыск всего его огромного архива и библиотеки, а просто опечатать несколько комнат. Тот, поколебавшись, согласился, но у него не оказалось с собой печати, хотя сургуч был. И здесь историк сделал опрометчивый шаг, предложив опечатать комнаты находившейся у него печатью масонской ложи «Астрея», возникшей в Москве в 1907 году. Так и поступили, но печать комиссар вдруг решил забрать с собой. «Я никак не мог себе представить, – писал Мельгунов позднее, – что из-за этого может разгореться целый сыр-бор. В Особом отделе решили, что это печать современной ложи, с которой я имею какие-то таинственные связи. Заподозрено было и нахождение у меня многих масонских знаков. Мне пришлось разъяснять; жене моей пришлось привезти два тома, изданных под моей и Н. П. Сидорова редакцией, “Масонство в прошлом и настоящем”, чтобы доказать, что у меня имеется к масонству обычный литературно-научный интерес».
Волны от этого пустякового, казалось бы, случая расходились еще долго, давая чекистам пищу для утверждений, что в белогвардейском лагере действуют масоны. Что касается самого Мельгунова, то он никогда масоном не был. В своих книгах и статьях историк неоднократно писал о попытках вовлечь его в масонские ложи (разговоры на эту тему с ним вел сам А. Ф. Керенский), не вызывавшие у него никакого доверия. «Я считаю вредным облечение подобными формами деятельности русской оппозиции», – признавался Мельгунов.
Однако зададимся каверзным вопросом: откуда это большевики, в частности чекисты, были так сведущи в масонской символике, распознав в печати, изъятой у Мельгунова, откровения «вольных каменщиков»? Не мерцает ли здесь одна из скрытых пока от исторического взгляда тайн большевиков? Допросы Мельгунова по масонским делам вел начальник Особого отдела ВЧК М. С. Кедров, кстати говоря, несколько лет проведший в эмиграции. Как подчеркивал историк, «Кедров больше всего интересовался разгадкой, существует ли теперь масонство в России или нет».