С Кедровым связано и другое неожиданное приключение, пережитое в ЧК Мельгуновым. Однажды на допросе к начальнику Особого отдела принесли кипу каких-то документов. Историк поинтересовался, что это за документы, и получил ответ, что это бумаги одной из местных организаций партии эсеров и что в ЧК часто попадают еще более интересные документальные материалы. Например, недавно поступил архив из могилевской Ставки Николая II как Верховного главнокомандующего. У Мельгунова мелькнула дикая мысль, и он попросил Кедрова ознакомиться с этим архивом. Немного подумав, чекист ответил: «Хорошо. Вы получите документы на одну ночь при условии никому их не показывать».
И вот Мельгунов всю ночь при электрическом свете в камере, где содержалось 15 человек, знакомился и делал выписки с официальной и полуофициальной переписки Ставки, переговоров по прямому проводу, автографов Николая II. Здесь им и был обнаружен, в частности, уникальный документ о гарантиях для себя и своей семьи, которые требовал император от Временного правительства во время своего отречения (позднее этот документ был опубликован историком за границей). На следующий день Кедров заявил, что он хочет издать архив Ставки, и спросил, не поможет ли ему в этом Мельгунов. Тот ответил категорическим отказом: «С большевиками невозможна никакая совместная работа».
Выйдя на свободу, Мельгунов неотступно ждал нового ареста, его все сильнее стали изматывать постоянные обыски. «С лета 1919 года мы все ходили под угрозой… – писал он впоследствии. – Мы продолжали свое дело. Жили легально и, может быть, даже слишком беспечно и открыто». В это время чекисты уже вышли на след «Союза возрождения» и других контрреволюционных организаций. 29 августа 1919 года был арестован Н. Н. Щепкин. Узнав об этом, Мельгунов решил срочно уехать с женой в деревню под Серпухов, и сделал это не напрасно: дважды его приезжали арестовывать на московскую квартиру, оставив там на 6 недель засаду. Начались полгода мучительной нелегальной жизни: историку пришлось изменить внешность, поменять паспорт, преобразиться в бухгалтера и переезжать с женой с места на место. В конце концов «прятание по углам» надоело, и Мельгунов через знакомых большевиков, в том числе Л. Б. Каменева и Д. Б. Рязанова, попросил узнать, можно ли ему безопасно для себя выйти из подполья. Получив положительный ответ, он вернулся в середине февраля 1920 года в свою квартиру и… был тут же арестован.