В 1485 году итальянские зодчие начали возведение кремлевских стен и башен. Строительство этого сложного архитектурного и фортификационного сооружения осуществляли подъезжавшие в разное время в Москву Марко Руффо (Марк Фрязин), Антонио Джиларди (Антон Фрязин), Пьетро Антонио Салари (Петр Фрязин) и Алоизо ди Каркано (Алевиз). Десять лет понадобилось мастерам, чтобы в целом закончить работу. Кремлевские стены и башни явились великолепной огранкой еще полностью не сформировавшегося комплекса на Боровицком холме и господствующим ядром новой Москвы, столицы крупной державы. Окончательное архитектурное оформление Кремлевских стен и башен Кремлевской крепости завершилось в 1508 году сооружением глубокого рва, выложенного белым камнем и кирпичом «со стороны торга и Красной площади», а со стороны Неглинной – устройством прудов, «из которых по рву Неглинная была соединена с Москвою-рекою, так что крепость со всех сторон окружилась водою и Кремль стал островом».
В 1485 году каменные хоромы стали строить большие бояре.
Итальянские мастера параллельно со строительством Кремлевской крепости возводили на территории Кремля Набережную палату, Грановитую палату…
В 1492 году Иван III наконец-то решил строить каменное здание для жилья, переехал на время с семьей во двор Ивана Юрьевича Патрикеева, затем, когда началась разборка деревянных хором, построил себе временное жилье за восточной стороной Архангельского собора. Два пожара 1493 года в Кремле на шесть лет приостановили работы, и закладка каменного дворца произошла лишь в 1499 году. Возведением так называемого Теремного дворца руководил Алевиз Фрязин. Он закончил работу уже после смерти Ивана III, в 1508 году.
В середине лета 1506 года Василий III заложил в Кремле кирпичную церковь Николая Чудотворца на месте деревянной церкви Николы Льняного. Через девять недель, 1 октября, храм был освящен. Его назвали Николой Гостунским по чудотворной иконе, которую поставил в церкви великий князь.
Василий III в 1514 году приказал Алевизу Фрязину построить каменные и кирпичные церкви на Посаде.
В 1508 году великий князь переселился в кирпичный дворец и повелел расписать дворцовую церковь Благовещения мастеру Феодосию Денисьеву с братией. После этого Василий приказал «украсить стенописью» Успенский собор. Работа была закончена 27 августа 1515 года. Церковь Благовещения расписал русский мастер Федор Едикеев.