В целях обеспечения эффективности участия президента в законотворческой деятельности указами президента учреждены должности полномочных представителей Президента в Совете Федерации и в Государственной Думе. Они представляют интересы президента в палатах Федерального Собрания и способствуют реализации его конституционных полномочий.
Президент назначает Председателя Правительства Российской Федерации с согласия Государственной Думы, назначает на должности заместителей Председателя Правительства и федеральных министров по предложению Председателя Правительства РФ. Кроме решения вопросов о составе правительства президент имеет право председательствовать на его заседаниях, принимает решения об отставке правительства. Постановления и распоряжения последнего в установленных Конституцией случаях могут быть отменены президентом. По предложению Председателя Правительства президент утверждает своим указом систему и структуру федеральных органов исполнительной власти. Перед вновь избранным президентом правительство слагает свои полномочия.
В отношении органов судебной власти президент представляет Совету Федерации кандидатуры судей Конституционного Суда, Верховного Суда, Высшего Арбитражного Суда, Генерального прокурора. Президент наделен полномочиями обращаться в Конституционный Суд с запросом о соответствии Конституции Российской Федерации нормативных актов, о толковании Конституции.
Президент РФ применяет согласительные процедуры в случае разногласий между органами власти, он вправе приостанавливать действие актов исполнительной власти субъектов РФ в случае противоречия их Конституции, федеральным законам, международным обязательствам России или нарушения прав и свобод человека до решения этого вопроса соответствующим судом.
Президент принимает участие и в формировании некоторых других федеральных органов государства. Так, президент представляет Государственной Думе кандидатуру для назначения на должность Председателя Центрального банка РФ, ставит перед Думой вопрос об освобождении его от должности. Президент назначает одну третью часть Центральной избирательной комиссии, предлагает Государственной Думе и Совету Федерации кандидатуры для назначения соответственно Председателя и Заместителя Председателя Счетной палаты.
Важной конституционной функцией президента является обеспечение осуществления полномочий федеральной государственной власти на всей территории Российской Федерации. Эта функция осуществляется в соответствии с Конституцией совместно с правительством.