Серьезные претензии высказывались также по поводу заметного увеличения возможности государственных органов и должностных лиц вмешиваться в деятельность органов и должностных лиц местного самоуправления и даже прямо подменять их. Существует мнение, что многие положения нового Закона существенно ограничивают самостоятельность местного самоуправления, гарантированную Конституцией РФ. Неоднозначно оцениваются также вводимые Законом механизмы выравнивания бюджетной обеспеченности муниципальных образований.
Практика реализации переходных положений Закона выявила еще ряд проблем. Одной из наиболее серьезных из них является кадровая. В результате реформы к 355 тыс. ныне работающих в РФ муниципальных служащих должно добавиться еще как минимум 150 тыс. Между тем работа на муниципальной службе требует от служащего определенного уровня знаний и навыков. Во многих сельских поселениях страны такие кадры имеются не в достаточном количестве, подготовка же новых будет длиться достаточно долго. Весьма схожие проблемы возникли и с депутатским корпусом: из избранных 56 тыс. депутатов муниципальных собраний далеко не все в достаточной мере разбираются в вопросах муниципального, гражданского, бюджетного и налогового законодательства, что является необходимым условием полноценного функционирования представительных органов муниципальных образований.
Груз финансовых, организационных и правовых проблем оказался столь велик, что поставил под вопрос возможность начала функционирования новой модели местного самоуправления с 1 января 2006 г. (первоначальный срок вступления в действие Закона). В этих условиях федеральными органами власти было принято сложное и неоднозначное решение о переносе срока введения Закона в действие. Данная поправка была поддержана Президентом РФ и приобрела статус Федерального закона «О внесении изменений в ст. 83 и 85 Федерального закона „Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации“, Федеральный закон „О внесении изменений в Бюджетный кодекс Российской Федерации в части регулирования межбюджетных отношений“ и в ст. 7 Федерального закона „О внесении изменений в ч. 1 и 2 Налогового кодекса Российской Федерации и признании утратившими силу некоторых законодательных актов (положений законодательных актов) Российской Федерации о налогах и сборах“» от 12 октября 2005 г. N 129-ФЗ.