В 1986-1990 гг., в условиях неподготовленной в стране экономической перестройки, наступает очередной спад в развитии сельского хозяйства, ухудшаются производственные и экономические показатели сельскохозяйственной деятельности, наращивается импорт и сокращается экспорт практически всех видов сельскохозяйственной продукции, появляется дефицит многих видов продовольствия, пустые полки и длинные очереди за продуктами питания, в том числе за хлебом и другими продуктами питания первой необходимости. Все это предопределило объективную необходимость проведения в стране очередной аграрной реформы [5].
В 1988–1990 гг. было сохранено выделение бюджетных ассигнований на капитальные вложения и выполнение государственных мероприятий по мелиорации земель, строительство внутрихозяйственных дорог, лесо – и землеустройство, борьбу с вредителями сельскохозяйственных растений и т.д. Общая сумма ассигнований на АПК в 1990 г. составила 41,4 % в расходах бюджета [15]. Однако эти финансовые вливания в аграрный сектор не давали ожидаемого результата по причинам экстенсивного развития сельского хозяйства и отсутствия эффективного финансового механизма регулирования воспроизводственного процесса в сельском хозяйстве [6].
Не обеспеченная материально, не подготовленная организационно, разрушившая прежние механизмы и не успевшая создать новые, эта реформа, как и предыдущие, за 10 лет осуществления не принесла ожидаемых положительных результатов. Приведшая к невиданному ранее сокращению сельскохозяйственного производства на целых 40 %. предпринятая в России очередная реформа потребовала коренного пересмотра, который энергично проводится в последние годы и сопровождается определенными положительными изменениями, в частности начавшимся в 1999 г. приростом сельскохозяйственной продукции (в 1999 г. – на 4,1 %, в 2000 г. – на 7,7, в 2001 г. – на 6,8 %).
Экономическая реформа коренным образом изменила политику государства в отношении финансовой поддержки сельского хозяйства. В результате приватизации государственной собственности, которая освободила государство от инвестиций в материальную сферу производства, сельское хозяйство оказалось в глубоком кризисе, поскольку предприятиями были утрачены собственные оборотные средства, резко выросла кредиторская задолженность. Государственная поддержка сельского хозяйства выражалась в централизованных кредитах, возмещении разницы в процентных ставках по льготному кредитованию, а также в лизинге сельскохозяйственных машин и племенных животных и бюджетном кредитовании аренды техники сельскохозяйственными товаропроизводителями. С 1993 г. из федерального бюджета компенсируется сельскому хозяйству 30 % стоимости приобретаемых минеральных удобрений и 50 % затрат на топливо для теплиц.