Задолженность по централизованным кредитам, полученным сельским хозяйством в 1992–1994 гг., составила 16,3 млрд. р. и была рассрочена на 15 лет. В 1995 г. правительство меняет форму кредитования сельскохозяйственных товаропроизводителей: во-первых, стал применяться товарный кредит, который имел своей целью обеспечить сельскохозяйственное производство горюче-смазочными материалами на весенние посевные и уборочные работы; во-вторых, был разработан порядок зачета стоимости горюче-смазочных материалов в счет поставок сельскохозяйственной продукции в региональные и федеральные продовольственные фонды. Однако товарный кредит выдавался несвоевременно и не в полном объеме.
В 1997 г. был принят Федеральный закон «О государственном регулировании агропромышленного производства», в соответствии с которым был образован специальный фонд кредитования организаций АПК на льготных условиях. Этот фонд формировался за счет средств федерального бюджета, кредиты предоставлялись на льготных условиях со взиманием платы не более 25 % учетной ставки ЦБ РФ.
В 2001 г. был сделан очередной шаг в совершенствовании кредитных отношений с АПК: бюджет стал возмещать до 2/3 ставки рефинансирования ЦБ РФ сельскохозяйственным товаропроизводителям, использующим полученный кредит на приобретение семян, кормов, горюче-смазочных материалов, запасных частей для ремонта сельскохозяйственной техники, минеральных удобрений и средств защиты растений. В 2002 г. было предоставлено кредитов с льготной ставкой на сумму 28,9 млрд. р., в 2003 г. – соответственно 42,9 и 3,2 млрд. р., но, по оценке В. Н. Семенова, для нормального функционирования сельскохозяйственного производства объем кредитования и размер субсидий должны быть на порядок больше, поскольку централизованные и льготные фонды кредитования покрывают лишь 5–10 % сезонных затрат на производство продукции. Поэтому более 90 % хозяйств вынуждено обращаться за кредитом к коммерческим банкам с уплатой процентов на рыночных условиях.
Результатом отсутствия эффективного финансового механизма поддержки и регулирования сельское хозяйство оказалось практически без собственных оборотных средств. Суммарная задолженность сельхозпредприятий по расчетам с бюджетом, внебюджетными фондами, по кредитам банков и другим заемным средствам в 2003 г. превысила выручку от реальной продукции на 11 %.