Затянув переговоры, Моисей тем временем скрытно стягивал к лагерю вооруженные отряды. Когда сил оказалось достаточно, он прервал переговоры и захватил руководителей восстания. С присущей ему жестокостью Моисей предал их казни на глазах всего народа. Сам Корей вместе с Дафаном, Авироном, а также их детьми и внуками были живьем закопаны в землю. Народ, потрясенный увиденным, пребывал в смятении. Воспользовавшись этим, Моисей арестовал всех руководителей израильских племен – 250 человек – и уничтожил их. Только на следующий день, придя в себя, народ предпринял попытку выступить с оружием в руках против Моисея и Аарона. Но из-за отсутствия руководства восстание было дезорганизовано и быстро подавлено верной Моисею армией. Библия свидетельствует, что перебито было 14 700 человек (Числ. 16: 49 ; цифра явно преувеличена раз в десять).
В результате этих событий в израильском стане произошел раскол. Часть людей ушла из лагеря и предприняла попытку самостоятельного вторжения в Ханаан, но, подвергнувшись нападению племен амалекитов, была рассеяна. Ситуация усугубилась начавшимися в лагере израильтян болезнями, от которых люди умирали. Было ясно, что ни о каком наступлении на Ханаан не могло быть и речи. Находиться вблизи границ было также опасно: во-первых, ослабленные распрями и болезнями израильтяне могли здесь сами подвергнуться вражескому нападению, а, во-вторых, деморализованный народ мог разбежаться. Моисей решил отступить в глубь пустыни и расположился в оазисе Кадеш-Барнеа на побережье залива недалеко от Эйлата[21].
Жили они в шатрах, занимались скотоводством и немного земледелием. Подрастало молодое поколение, которое в суровых природных условиях закалялось физически и морально. Моисей воспитывал молодежь в духе истиного богопочитания и готовил из них будущих воинов, способных в трудной борьбе завоевать себе Землю обетованную. Учитывая предыдущий опыт, Моисей вместо 250 родовых старейшин имел при себе совет из 70 старейшин, которым поручил наблюдение за народом и руководство им. Аарон по-прежнему исполнял обязанность первосвященника, а левиты помогали Моисею в его духовной деятельности. В это же время были заложены и основы богослужения. Ковчег Завета со скрижалями стал народной святыней.
Не забыли и о главной цели: разведкой велось постоянное наблюдение за ситуацией в Ханаане и фиксировались все происходящие там политические изменения. Власть Египта над Палестиной то усиливалась, то ослабевала. Палестина в этот период фактически освободилась от египетского господства и только формально подчинялась фараону. Она представляла собой союз городов-государств