Впрочем, правые не смогли воспользоваться поддержкой администрации президента – альянс с центристами так и не сложился. СПС замкнулся в своем «либеральном сектантстве» и с 2002 года, особенно после теракта на мюзикле «Норд-Ост», не получал публичной поддержки из администрации. Договороспособный лидер фракции СПС Сергей Кириенко был в мае 2000 года назначен полномочным представителем президента в Приволжском федеральном округе – но это был практически последний успех СПС в плане вхождения представителей правых во власть. По сведениям «Коммерсанта», на назначении настоял лично Владимир Путин, хотя его отговаривали это делать[50]. Сменивший Кириенко на посту главы фракции Борис Немцов начал публично дистанцироваться от Кремля и критиковать его по всякому поводу.
Камнем преткновения стала позиция лидера СПС по Чечне. Осенью 2001 года Борис Немцов выступил с предложением начать переговоры с Асланом Масхадовым, на что Владимир Путин предложил Немцову: «Если кто-либо из депутатов Госдумы, в том числе Борис Немцов, способен обеспечить выполнение этих условий в течение обозримого будущего, в течение одного месяца, – пусть сделают. Если не способны, пусть тогда прекратят суетиться на политической сцене страны и сдадут мандат депутата Госдумы»[51]. Последовательная критика кавказской политики Владимира Путина[52] привела к тому, что в администрации президента перестали рассматривать СПС в качестве потенциальных союзников по коалиции. А провал переговоров с «Яблоком» об объединении перед выборами в Государственную думу фактически поставил СПС в маргинальную позицию. Была надежда убедить Кремль в необходимости крупного либерального объединения с результатом в 12–13 или даже 20% голосов[53], но переговоры с Григорием Явлинским из-за амбиций участников переговорного процесса не увенчались успехом.
Кризис партии окончательно стал заметен после теракта на мюзикле «Норд-Ост». Немцов выступил с резкой критикой властей, после чего Владимир Путин ответил жесткой критикой в адрес Немцова. «Резкие заявления Немцова и Хакамады вызвали негативную реакцию сторонников Кириенко, отошедшего от руководства партией, но продолжавшего контролировать „консервативное“ крыло, связанное с „Новой силой“ и региональными сетевыми организациями» – так характеризует раскол в партии Кирилл Бенедиктов