Став во главе ВУЧК, Манцев в организации оперативной деятельности был вынужден выступать против провокационных методов украинских чекистов использования агентов «для подталкивания обывателей и пассивного антисоветского элемента на активную работу». В своем служебном приказе он предупреждал, что методы «провокации» неприемлемы и недопустимы.
С точки зрения выработки методов работы ВЧК – ВУЧК в качестве примера можно привести замечание Дзержинского, который в 1921 году указывал на недопустимость арестов квалифицированных специалистов в важнейших отраслях промышленности страны, обвиняя их в контрреволюционных деяниях во время пребывания в Белой армии, чем парализуется производственная созидательная работа. Предлагалось прекратить аресты специалистов по обвинению в «старых делах», немедленно освободить арестованных по этим мотивам.
По просьбе украинского правительства из России в Харьков, Полтаву, Екатеринослав, Донбасс, Одессу были направлены группы чекистов. Это были в основном украинские коммунисты, работавшие в аппарате Советской России. Эти, пусть и небольшие, проявления взаимоподдержки с первых лет советской власти составляют одну из самых замечательных страниц истории органов безопасности двух государств.
В конце 1919 года на Украину выехал заместитель председателя Московской ЧК Манцев, назначенный начальником управления чрезвычайных комиссий Украинской ССР. Одновременно он исполнял обязанность начальника тыла Южного фронта.
К этому периоду в основе своей сложился и сформировался аппарат ВУЧК, а в начале 1920 года появились специальные чекистские вооруженные формирования. Но некоторые коммунисты считали преждевременной мерой создание украинских ЧК, главным образом из-за отсутствия необходимого количества подготовленных сотрудников. 4 июня 1919 года Ленин писал председателю ВУЧК Лацису: «…Каменев говорит и заявляет, что несколько виднейших чекистов подтверждают, что на Украине ЧК принесли тьму зла, будучи созданы слишком рано и впустив в себя массу примазавшихся. Надо построже проверить состав, надеюсь, Дзержинский отсюда Вам в этом поможет. Надо подтянуть во что бы то ни стало чекистов и выгнать примазавшихся». В ответном письме Лацис сообщал о неоднородном составе ВУЧК, значительном количестве примазавшихся лиц, в частности ранее изгнанных из ЧК в Москве, малоспособных и малонадежных. «Сейчас мы, – писал М. Лацис, – порешили принимать только коммунистов (большевиков)… Я пошел на очень большие уступки, чтобы улучшить состав чрезвычайных комиссий и избавиться от постоянных нареканий и погромов: упразднил уездчека и выбросил мелкую спекуляцию».