В конце 1919 года обстановка на Украине резко обострилась, значительная часть республики была захвачена белогвардейскими войсками Деникина и петлюровцами. Вооруженные объединения Деникина, Врангеля, разветвленные подпольные белогвардейские организации, украинские буржуазно-националистические центры пользовались поддержкой империалистических государств, сотрудничали с иностранными разведками, получали от них финансовую и военную помощь. Активные наступательные действия деникинцев привели к тому, что советская власть еще не везде упрочилась, ухудшилось экономическое и военное положение Украины, прокатилась волна мятежей. Если в апреле 1919 года было 93 мятежа, то в первой половине июня того же года – уже 207.
В это тяжелое время российская ВЧК на основе существующего с украинским государством договора о военно-политическом союзе предложила передать ей функции ВУЧК. Совнарком Украины не согласился с этим предложением и вместе с сохранившейся частью сотрудников ЧК временно эвакуировался в РСФСР. Аппарат ВУЧК резко уменьшился. Многие чекисты были направлены в Красную армию, продолжили работу в разветвленной сети подпольных организаций на временно оккупированной противниками территории.
Объединенными усилиями трудящихся советских республик России и Украины в конце 1919 года была одержана окончательная победа над агрессорами и интервентами, и на Украине пришлось, по существу, заново создавать советский государственный аппарат и органы безопасности. Ленин обратился с письмом к рабочим и крестьянам Украины, в котором отмечал необходимость дальнейшего укрепления дружбы и братства народов, единения трудящихся России и Украины: «Мы хотим добровольного союза наций – такого союза, который не допускал бы никакого насилия одной нации над другой. Если такой союз не будет установлен и сохранен, тогда и Советскую Украину и Советскую Россию смогут задавить и задушить капиталисты».
В мае 1920 года буржуазная Польша при поддержке войск барона Врангеля, находившихся в Крыму, снова оккупировала значительную часть территории Советской Украины. Продолжали свирепствовать остатки деникинской армии и петлюровских банд, бесчинствовали банды Махно, с огромными трудностями защищалась украинская государственность. В этих условиях потребовалось создать более мощный аппарат ЧК для борьбы с иностранными интервентами, контрреволюционными заговорами, шпионажем, анархизмом, уголовным бандитизмом и другими особо опасными преступлениями.