Когда об этом стало известно властям, в лес приехали офицеры Сибирской армии, обследовали кострища около ближайших шахт, но трупов не обнаружили. При последующем глубоком исследовании района, включавшем откачку воды из всех находящихся в нем шахт, откачку воды из водоема (Ганиной ямы), было обнаружено большое количество фрагментов тканей одежды, фурнитуры, целых и разрушенных драгоценностей, фрагменты костей, много пуль и свинцовых сердечников от них.
Итогом изучения места происшествия стало заключение о том, что около шахты вблизи от Ганиной ямы трупы последнего российского императора и членов его семьи были раздеты и расчленены, после чего их сожгли вместе с одеждой.
В ходе следствия не были оставлены без внимания возникшие вопросы: возможно ли было полное сжигание тел? И почему не обнаружено ни одного зуба? (Как известно, зубы горят очень плохо, и при сжигании одиннадцати тел какая-то часть зубов не могла не сохраниться. Однако не было обнаружено ни одного).
Н. Соколов пришел к выводу: это произошло потому, что головы жертв не сжигались: они были отделены и… отправлены в Москву. Он привел весомые доказательства в пользу своего предположения.
Доказательство первое: следы рубящего воздействия на обнаруженных возле шахты предметах и их частях, принадлежность которых членам семьи последнего российского императора была установлена.
Доказательство номер два: после убийства председатель Уралсовета Ш. Голощекин убыл на поезде в Москву, увозя с собой большие ящики.
И, наконец, третье: после прибытия Голощекина в Москву там распространились слухи о том, что В. Ленину доставили голову царя. Стало известно высказывание одного из большевистских чиновников: «Ну теперь жизнь обеспечена: поедем в Америку и будем там демонстрировать в кинематографах головы Романовых».
Сразу же после объявления большевиками о расстреле царя и вывозе его семьи из Екатеринбурга под предлогом «обеспечения общественного спокойствия» советская власть стала получать официальные запросы. В частности, судьбой императрицы как принцессы германской крови и судьбой ее детей интересовались власти Германии. Советская власть не желала признаваться, что убила всю семью. Точно так же представители советской власти вели себя и при неофициальных запросах. Известен ответ П. Войкова, посла Советской России в Польше: «Мир об этом никогда не узнает».