Некоторые из новых полномочий прокурора вызвали в науке и практике особенно резкую критику. В частности, это касалось права следователя возбуждать уголовные дела только с согласия прокурора. В соответствии со ст. 146 УПК следователь должен был незамедлительно направить прокурору вынесенное им постановление о возбуждении уголовного дела. Положительная оценка прокурором решения следователя о возбуждении уголовного дела санкционировала, как отмечала И. Б. Михайловская, дальнейшее производство расследования, а отрицательная была равносильна его (прокурора) решению о прекращении дела[Михайловская, И. Б. Указ. соч. – С. 31.]. Это порождало не только волокиту в принятии решения, но и неопределенность в вопросе о законности следственных действий, произведенных следователем после вынесения постановления о возбуждения уголовного дела, но до получения согласия на это прокурора. Недостаточно ясен был статус согласия прокурора при обращении в суд с ходатайством о производстве некоторых следственных действий (осмотра и обыска жилища, наложение ареста на корреспонденцию и пр.). Само по себе это согласие не давало следователю права произвести следственное действие, однако без него следователь не мог обратиться в суд. Двойной (со стороны прокурора и суда) контроль над решениями следователя порождал безответственность.
Практика показала неэффективность подобного правового регулирования. Поэтому реализованная сегодня идея разделения надзора и руководства расследованием представляется закономерным результатом поиска оптимальных средств повышения эффективности и качества предварительного расследования. В этом свете вполне логичным выглядит и создание Следственного комитета при Прокуратуре РФ: все следователи, независимо от ведомственной принадлежности, должны находиться в равноудаленном положении от прокурора. Роль прокурора в уголовном процессе приобретает иные черты и становится более внятной: надзор за расследованием плавно перетекает в поддержание государственного обвинения в суде и становится средством его обеспечения. Государственное обвинение в суде, обеспеченное правом надзирать за законностью предварительного расследования, становится основной (возможно, единственной) функцией прокурора в уголовном процессе.
Однако эта стройная и логичная конструкция мгновенно разрушается, как только мы обращаем свой взгляд на дознание. Все полномочия по руководству процессуальной деятельностью дознавателя, за исключением утверждения постановления о возбуждении уголовного дела публичного обвинения, как было показано выше, сохранены.