Процессуальный порядок прекращения уголовных дел в стадии предварительного расследования существенно отличается в зависимости от характера и оснований к их прекращению. Так, орган дознания и следователь как процессуально самостоятельные лица прекращают уголовное дело своим постановлением только в случае, если речь идет о полной реабилитации подозреваемого или обвиняемого. В то же время прекращение уголовного дела указанными субъектами уголовного процесса в порядке ст. 25, 28 УПК допускается только с согласия прокурора. Практика применения законодательных актов об амнистии показывает, что в постановлениях высших законодательных органов о применении амнистии, как правило, содержится указание, что уголовные дела по этому основанию (п. 3 ст. 27 УПК) прекращаются также только с согласия прокурора. Кроме того, уголовно-процессуальный закон запрещает прекращение дел по нереабилитирующим основаниям, если обвиняемый против этого возражает. По этому поводу в ч. 2 ст. 27 УПК записано, что прекращение уголовного преследования по основаниям, указанным в п. 3 и 6 ч. 1 ст. 24, ст. 25 и 28 УПК, а также п. 3 и 6 ч. 1 ст. 27 УПК, не допускается, если подозреваемый или обвиняемый против этого возражает. В таком случае производство по уголовному делу продолжается в обычном порядке.
Характерной особенностью нашей правоприменительной практики является то, что постановление о прекращении уголовного дела, составляемое лицом, производящим дознание, утверждается руково дителем органа дознания. Перечень органов дознания дан в ст. 40 УПК. Уголовно-процессуальный закон требует, чтобы постановление о прекращении уголовного дела соответствовало материалам уголовного дела, т. е. содержало обоснование принимаемого органом предварительного расследования решения путем приведения анализа и оценки добытых в ходе расследования доказательств. Оценка доказательств производится в свете положений как материального, так и процессуального права. В заключение анализа следует вывод о необходимости прекращения уголовного дела.
Сущность (фабула) дела излагается таким образом, чтобы было понятно, что послужило поводом и основанием к возбуждению уголовного дела, какие именно обстоятельства установлены в процессе расследования, какими фактическими данными это подтверждается, по каким юридическим основаниям дело подлежит прекращению. Постановление должно состоять из вводной, описательно-мотивировочной и резолютивной частей. При необходимости в процессе изложения делаются ссылки на листы дела, подтверждающие конкретные обстоятельства. В резолютивной части постановления формулируется решение о прекращении уголовного дела, приводятся его основания со ссылкой на уголовно-процессуальный закон. Постановление подписывается лицом, производящим дознание, следователем или прокурором, при необходимости утверждается либо санкционируется руководителем органа дознания, прокурором. Копия постановления о прекращении уголовного дела направляется прокурору. Одновременно следователь в письменной форме уведомляет всех заинтересованных лиц о принятом решении (ч. 4 ст. 212 УПК), разъясняет им порядок обжалования. Грубое нарушение перечисленных правил может быть рассмотрено в качестве основания для отмены постановления о прекращении уголовного дела. По результатам проверки судья выносит постановление: 1) либо об оставлении жалобы без удовлетворения, 2) либо об отмене постановления о прекращении уголовного дела.