Прекращая уголовное дело, орган предварительного расследования обязан также принять решение и по целому комплексу сопутствующих вопросов: отменить меру пресечения, если она избиралась, освободить имущество из-под ареста, если таковой накладывался и т. п. Поскольку предметом судебной проверки в рамках ст. 125 УПК является исключительно решение о прекращении уголовного дела, то суд не вправе в ходе осуществления данного судебно-контрольного действия рассматривать другие вопросы. Например, если потерпевший жалуется не только на незаконное с его точки зрения постановление о прекращении уголовного дела, но и одновременно выражает свое несогласие с освобождением обвиняемого из-под стражи, то суд, придя к выводу, что производство по делу прекращено незаконно, удовлетворяет жалобу потерпевшего лишь частично, поскольку избрание меры пресечения в отношении обвиняемого, а равно определение его процессуального статуса является исключительной прерогативой органа предварительного расследования и прокурора.
Во вводной части постановления, принятого по результатам рассмотрения жалобы на постановление о прекращении уголовного дела, должны быть указаны: его наименование; дата и место вынесения; должность и фамилия судьи; должность и фамилия прокурора, защитника (адвоката), если они принимали участие в рассмотрении жалобы. В описательной части своего постановления судья излагает данные об уголовном деле (основаниях его возбуждения, результатах расследования, основаниях прекращения), приводит суть доводов жалобы. Особое внимание следует уделить мотивировке принятого по жалобе решения, которое в ясных и четких выражениях должно содержать указания на мотивы отмены постановления о прекращении уголовного дела, а также на те обстоятельства, которые подлежат установлению при дополнительном расследовании, либо на причины оставления жалобы без удовлетворения.
Мотивами отмены указанных постановлений судом могут быть неполнота и односторонность предварительного расследования, неправильное применение уголовного и уголовно-процессуального законов при прекращении уголовного дела. В своем постановлении судье следует избегать оценки доказательств. Ссылка на их противоречивость допустима лишь в случае неполноты предварительного расследования. Постановление о прекращении уголовного дела может быть отменено ввиду невыполнения органом предварительного расследования обязательных для него указаний руководителя следственного подразделения, прокурора и суда. Резолютивная часть постановления, кроме положения об отмене постановления о прекращении уголовного дела, содержит указание о направлении дела для проведения дальнейшего расследования соответствующему прокурору.