Центральные власти не смогли признать такого рода законы противоречащими конституции и лишь рекомендовали жителям северных штатов обжаловать решения шариатских судов в высших судебных органах вплоть до Верховного суда страны. Между тем вынесенные приговоры, как правило, приводились в исполнение немедленно после их оглашения; кроме того, обвиняемых фактически не имело ни адвокатов, ни возможности обращения с апелляцией.
В 2000 году в связи с призывом ООН к мораторию на исполнение смертных приговоров и отмене смертной казни в Нигерии впервые за долгие годы не было ни одного смертного приговора и ни одной казни. В январе по случаю миллениума президент страны объявил об амнистии всех смертников, на основании которой, осужденные к смертной казни, содержавшиеся в тюрьмах в течение 20 и более лет, подлежали освобождению, а тем, кто находился в ожидании казни менее указанного срока, смертная казнь заменялась пожизненным заключением. На этом фоне диссонансом звучало одновременно внесенное правительством в страны предложение восстановить смертную казнь за саботаж и повреждение трубопроводных сетей.
К концу 2001 года население Нигерии выросло почти до 120 млн. человек. В стране продолжались межобщинные и религиозные столкновения, уносящие жизнь многих людей и вынуждающие десятки тысяч людей покидать свое местожительство. Особенно ощутимыми были столкновения на религиозной почве между христианами и мусульманами в штатах Кадуна, Кано и Джос. Безнаказанность сил безопасности привела к жестоким расправам и внесудебным казням более 130 человек. Возрожденные в юго-восточной части страны «комитеты бдительности» продолжали практику незаконных задержаний людей, пыток и убийств; члены политически активных групп и правозащитники подвергались жестокому преследованию.
В 2001 году региональные судебные власти утвердили 4 смертных приговора и еще 24 таких приговора находились на рассмотрении в Верховном суде страны (большинство осужденных обвинялись в убийствах, многие из которых были совершены более 10 лет назад). Из 4 утвержденных смертных приговоров три были вынесены местными судами северных штатов на основании нового уголовного и уголовно-процессуального законодательства, основу которого составило шариатское право.
Новое законодательство, за три года распространившееся в 12 северных штатах страны, сделало обязательным назначение смертной казни за супружескую измену и на неограниченной основе расширило возможность ее применения за гомосексуализм и другие сексуальные правонарушения. Реформирование законов в северных штатах привело к тому, что шариатские суды de facto оказались встроенными в судебную систему Нигерии и получили право вынесения смертных приговоров, хотя изначально планировалось, что компетенция этих судов будет ограничена главным образом рассмотрением гражданских дел.