Система «правосудия» складывалась из официальных судов, местных шариатских судов и неформальных трибуналов, создаваемых вооруженными группировками; все они продолжали выносить смертные приговоры, которые немедленно приводились в исполнение. В то же время в соответствии с исламскими законами, по ряду дел об убийствах виновные откупались от ответственности, выплачивая родственникам убитых материальную компенсацию.
В 2005 году ситуация в Сомали практически не изменилась. Тысячи людей, опасаясь за свою жизнь, покинули страну, либо были насильственно переселены. На юге страны по-прежнему царило полнейшее беззаконие. По сообщениям международных экспертов, даже в более демократичном Сомалиленде проводились незаконные аресты и несправедливые судебные процессы.[146] В центральных и южных районах страны ни законы, ни судебная система практически не действовали. Лишь в нескольких районах Сомали на местном уровне функционировали шариатские суды, которые, как и прежде, не соблюдали общепризнанные стандарты правосудия.
В Сомалиленде только в ноябре 2005 года 8 человек были приговорены к смертной казни за убийство сотрудников иностранных гуманитарных миссий.
В 2006 году из-за вооруженных столкновений между «Союзом исламских судов» и коалицией столичных кланов продолжилось бегство из страны тысячи мирных граждан. В июне «Союз исламских судов» захватил столицу, а затем и большую часть южных и центральных районов страны. Однако в декабре в результате нового конфликта с федеральным правительством «Союз исламских судов» потерпел поражение. Формально власть вновь перешла в руки переходного правительства, которому все также противостояли независимые власти Пунтленда и Сомалиленда.
В центральных и южных районах страны судебная система, которая хотя бы в минимальной степени соответствовала стандартам правосудия, так и не была создана. Действовавшие на местном уровне шариатские суды не признавали права обвиняемых на защиту и помощь адвоката и придерживались наиболее жесткого толкования норм шариата, касающихся преступлений против морали и правил ношения одежды. Нарушителей этих норм подвергали порке и другим, жестоким и унизительным наказаниям.
Несмотря на повсеместные протесты против применения смертной казни, исламские суды – особенно на юге страны и в Сомалиленде – продолжали выносить смертные приговоры. По распространенной исламской традиции («дия») смертные приговоры в результате возмещения ущерба отменялись, если члены семьи убитого соглашались на получение компенсации от семьи убийцы.