Если сведения по античной и средневековой географии Иерусалима не позволяют надежно отождествить город, то может история позволит отождествить его. Современные ученые написали историю города, но она во многом не соответствует сведениям археологии и письменным источникам.
Считается, что первые упоминания об Иерусалиме отмечены в письмах царя Урсалимму к фараону Аменофису III (14в.д.н.э.). В 965—28г.д.н.э. город – столица царства Соломона. Затем столица Иудейского царства. В ассирийских надписях восьмого века до н.э. известен «Урусалимму». В 606г.д.н.э. (587г.д.н.э.) Иерусалим и его храм были разрушены до основания вавилонским царём Навуходоносором, многие жители уведены в плен, но через 70 лет – в 536г.д.н.э. часть бывших жителей по повелению персидского царя Кира вернулась с Зоровавелем. В 520- 516г.д.н.э. храм и частично город были восстановлены.
Сведения об Иерусалиме времен египетского правления Ханааном берут из архива царской переписки в Тель-эль-Амарны. Известно 382 таблички, большинство из которых происходят из развалин Ахетатона (300 км. к югу от Каира), служившего в 1340—30г.д.н.э. столицей Египта. Археологический контекст этих документов неизвестен, однако вероятно, что все они хранились в здании, называемом в настенной надписи «домом фараоновых писем». Более ранние иероглифические упоминания города относят к 18 в.д.н.э., притом что иероглифического изображения его имени нет.
Эль-Амарнские документы являются основой для хронологии и истории Древнего Востока. Хронологически Эль-Амарнские письма охватывают последние годы правления Аменхотепа III, все царствование Аменхотепа IV (Эхнатона), в общей сложности 1405—1350г.д.н.э. (1360—30г.д.н.э.).
Все Эль-Амарнские письма выполнены месопотамской клинописью на глиняных табличках. Большинство из писем написано на средневавилонском диалекте аккадского языка, который являлся lingua franca этого времени; есть также два документа на хурритском языке и по одному документу на хеттском и ассирийском языках.
Основную часть Эль-Амарнских писем (305 табличек) составляет переписка фараонов Ni-ib-mu-a-ri-ya (Mi-im-mu-ri-ya) и Na-ap-khu-ru-ri-a (Ni-ip-khu-ur-ri-ri-ya) с правителями подчиненных Египту городов. Значительное место в корпусе занимают послания царей Митанни (13 табличек), Вавилонии (11 табличек), Алашии (8 табличек) и хеттского царства (4 таблички). Среди текстов из Тель-эль-Амарны есть также литературные произведения, отрывки из словарей и глоссариев и др.