Немало трудов понес святой Иона. Своим мудрым словом, своей любовью он не раз погашал раздор между новгородцами и псковичами. Жители Пскова, тяготясь зависимостью от новгородского владыки, стали просить, чтобы великий князь назначил им в Псков особого епископа. Они даже захватили часть земель и угодий, которые принадлежали архиепископу Новгородскому. Но великий князь не исполнил их просьбы, повелев им во всем повиноваться блаженному святителю Новгородскому и возвратить несправедливо ими захваченное. Псковичи так и сделали. Много содействовал сему своим примером и сам святой Иона. Он даже не потребовал от псковичей никакого вознаграждения за убытки, причиненные ими архиерейской кафедре. Видя его любовь и бескорыстие, большая часть псковичей стала еще больше уважать его и оказывать ему должную честь.
Святой Иона много заботился о построении и украшении храмов Божиих. Кроме построения храма в честь преподобного Сергия Радонежского, святитель заботился о своей любимой Отней обители, где начались его иноческие труды и подвиги. Он построил здесь каменный храм во имя Трех Святителей и великолепно его украсил. Для сего он вызвал самых лучших иконописцев и щедро расточал свое имение, чтобы обильно снабдить новый храм священными предметами и книгами. К сей церкви он пристроил еще другую в честь Крестителя Господня Иоанна Предтечи, имя которого он носил еще в миру. В сем храме он собственными руками ископал себе гроб и завещал предать здесь погребению свое тело. В Отней обители святой архипастырь построил еще храм во имя святителя Николая. В самом Новгороде он возобновил и украсил Дмитриевскую церковь на Торговой стороне, по преданию, первоначально построенную в память победы Димитрия Донского над Мамаем.
За благочестивую жизнь мудрого святителя уважали не только великие князья Московские, но даже тверские, смоленские, полоцкие и литовские. Новгородская область, управляемая святым Ионою, пользовалась во все время святительства сего блаженного миром и особым покровительством свыше. Граждане, внимая его поучениям, имели любовь друг к другу; даже самая земля отличалась тогда особенным плодородием. Все сие было по молитвам святого. Только однажды Новгородская и Псковская земли подверглись страшному бедствию. С конца 1466 года открылось моровое поветрие, которое известно под именем Симоновского мора. У больных опухали железы, и на третий или четвертый день они умирали. В следующем, 1467 году, болезнь вспыхнула с новой силой. Во всей Новгородской земле умерло 220 652 человека. Великая скорбь и смятение охватили жителей. Но еще более болел душой за своих духовных чад сам архипастырь. Он утешал их и непрестанно молился Господу о прекращении сего страшного бедствия. И молитва его была услышана. В Неревском конце при Зверинском монастыре была устроена большая скудельница для погребения умерших. Однажды во время молитвы святитель услышал глас: