Вскоре после возвращение из Москвы Иона, митрополит Всероссийский, прислал послание блаженному святителю Новгородскому. Чувствуя приближение своей кончины, митрополит Иона еще раз желал увидаться с новгородским владыкой и насладиться его духовной беседой. Вместе с тем митрополит просил святого Иону, чтобы он принял лично участие в избрании достойного ему преемника и предал его самого погребению. Прочитав сие послание, святой Иона прослезился и воскликнул:
– Великой благодати лишается ныне Москва, а вместе с нею и вся Русская земля!
Однако, удрученный годами и болезнью ног, сам святой Иона не мог отправиться в Москву. Он послал святителю Московскому грамоту, в коей, утешая его, писал:
– Не скорби, что нам нельзя повидаться теперь, ибо мы свидимся уже в той жизни, по отшествии из бренного тела. Радостно будет тогда наше свидание, ибо мы воспримем тогда мзду от Самого Начальника пастырей.
Избрание преемника святой Иона предоставлял Господу и освященному собору:
– Кого Дух Святой изберет и благословит, того и я буду готов принять!
Иона, святой митрополит Московский, преставился 31 марта 1461 года.
Зная святость его жизни, святитель Новгородский поручил вышеназванному Пахомию Логофету составить канон. Вскоре после сего святитель Московский был причислен к лику святых.
В 1462 году, по смерти Василия, на престол великокняжеский вступил сын его Иоанн III. Святой Иона отправился по делам в Москву к новому князю. Он напомнил ему о том, что предрек еще его отцу, прибавив:
– Не презрит Господь молитвы стольких угнетенных, Он рассеет орду, но пусть государь пребывает в благочестии и твердо хранит заповеди Божии.
В то же время святитель просил великого князя подтвердить прежнюю грамоту для Отней пустыни, чтобы сия обитель имела право суда. Иоанн, глубоко уважавший святителя, охотно исполнил его просьбу. Он подтвердил грамоту, данную его отцом, и приложил к ней печать со своим собственным изображением.
В то время произошло печальное разделение Русской Церкви. Григорий, посвященный в епископы в Риме, объявил себя митрополитом Русским и, принятый благосклонно королем Польским, стал управлять церковными делами в юго-западной России, подвластной тогда Польскому королю. О сем деле многие православные и сам великий князь писали святителю, прося его содействия и поддержки. Святой Иона, сам твердый в православии, всячески противодействовал такому разделению и много поучал свою паству, убеждая ее не оставлять старой веры православной и оставаться верной престолу Московского митрополита; как истинный пастырь, он смело и безбоязненно разрушал все происки врагов православия и охранял свое словесное стадо.