На заседаниях Собора говорили о беззакониях и обидах, которые чинились «всем христьянам», о бесправии простых людей перед власть имущими. Бояре винились и просили прощения. Царь обещал положить конец такому положению, но суровые наказания грозили только на будущее. Прошлое предавалось забвению, все опальные прощались. Отныне же все обиженные получали право подавать челобитные царю, рассматривать их требовалось быстро и без волокиты. Для укрепления законности началась разработка нового Судебника. А чтобы государственное управление не замыкалось в узкой группе лиц, была значительно увеличена Боярская дума, c 18 до 41 человека. Во исполнение решений Собора возникли первые в России постоянные правительственные учреждения – избы, они же приказы. Для приема челобитных учреждалась Челобитная изба.
Судебник был завершен и принят в июне 1550 г. Он не только обобщил существующие законы и указы. Внедрялись важные новшества, причем они нацеливались на защищенность простых людей. Четко определялись статьи дохода, на которые имели право наместники и волостели. В судах вместе с ними теперь должны были заседать выборные земские старосты и целовальники. Мало того, Судебник впервые в Европе обеспечивал неприкосновенность личности! (Британский закон о неприкосновенности личности, Нabeas Corpus Act, был принят только в 1679 г.) Наместник не имел права арестовать человека, не предъявив доказательств его вины земскому старосте и двум целовальникам. В противном случае староста мог освободить арестованного и по суду взыскать с администрации штраф «за бесчестье». Подтверждалось право освобождать человека от наказания при надежном поручительстве.
Расследование уголовных преступлений тоже должен был осуществлять не наместник – для этого по городам и волостям избирались губные старосты. В перечень преступлений впервые в России (и в Европе!) включались взятки. А вопрос о тяжких преступлениях решался только в Москве. Без доклада царю наместники не имели права «татя и душегубца и всякаго лихого человека… ни продати, ни казнити, ни отпустити». Судебник предусматривал и налоговую реформу, облегчавшую положение простонародья.
Еще одной сферой, где важно было навести порядок, являлись дела церкви. Для этого несколько раз созывались Освященные соборы. На одном из них канонизировали еще 16 святых – князя Всеволода-Гавриила Псковского, мучеников князя Михаила Черниговского и боярина его Феодора, святителей Нифонта, Евфимия, Стефана Пермского, преподобных Савву Вишерского, Ефросина Псковского, Григория Пельшемского и др.