Вторая проблема обусловлена особенностями используемых методов определения оптимальной численности федеральных государственных гражданских служащих. Использование фактических данных о численности федеральных государственных служащих в отчетном периоде, а также результатов хронометража рабочего времени приводит к фиксации действующего порядка исполнения административных процедур, который необязательно является оптимальным. Фактически использование такого подхода предусматривает фиксацию неких средних временных издержек на осуществление отдельных административных процедур с последующей экстраполяцией данных издержек с учетом ожидаемого объема рабочей нагрузки без попытки оптимизации собственно бизнес процессов, используемых при осуществлении тех или иных государственных функций и государственных услуг. Фиксация полученного норматива на длительный период времени может приводить к фиксации административных процедур, что противоречит принципам административной реформы, предусматривающим постоянное совершенствование процедур осуществления государственных функций и предоставления государственных услуг.
Третья проблема обусловлена не столько проблемами методического характера, сколько проблемами применения методик нормирования численности на практике. Трудоемкость большинства разработанных методов нормирования численности федеральных государственных служащих обуславливает применение данных подходов лишь к отдельным функциям (зачастую – вновь вводимым функциям) федеральных органов исполнительной власти. Таким образом, в рамках нормирования часто не оценивается оптимальность использования уже имеющихся в распоряжении органов исполнительной власти кадровых ресурсов (т. е. численность государственных служащих, исполняющих действующие функции, принимается в качестве оптимальной). В отдельных случаях рассматривается численность основного персонала в целом, однако не учитывается доля федеральных государственных гражданских служащих, занятых в обеспечивающих (функциональных) подразделениях, и федеральных государственных гражданских служащих управленческого звена. Иными словами, оценка трудозатрат и нормирование труда федеральных государственных гражданских служащих охватывают лишь 30–40 % от фактической численности соответствующего федерального органа исполнительной власти, что явно недостаточно для определения адекватных кадровых потребностей федерального органа исполнительной власти в целом.