Именно Кушчи не только завершил цикл исследований, но и спас рукописи Улугбека, привел их в порядок, а затем на личные средства организовал их переписку в десятках экземпляров, перевод на другие языки и распространение по всему средневековому Востоку.
Если от Марагинской обсерватории остались, по крайней мере, величественные развалины, то от Самаркандской обсерватории не осталось вообще ничего, кроме подземной части.
Долгое время бытовало мнение, что вскоре после гибели государя-астронома его обсерватория была разрушена толпой религиозных фанатиков, и что Али Кушчи тогда же покинул Самарканд навсегда.
Обнаруженные позднее исторические документы нарисовали совершенно иную картину.
Государи, правившие Самаркандом после Улугбека, - его старший сын Абдулатиф (до 8 мая 1450г.), его племянник Абдулла (до июня 1451г.), внук Мираншаха Абу Саид (до лета 1469г.) – все в той или иной степени оказывали поддержку ученым.
Известно, что Абу Саид вручил Али Кушчи за одну из его философских работ в качестве поощрения 50тыс. золотых динаров.
То есть, Али Кушчи и при Абу Саиде оставался в Самарканде, продолжая вести плодотворную научную и педагогическую работу в обсерватории, на которую никто и не помышлял покушаться.
Все изменилось лишь после того, как Абу Саид погиб в Западном Иране в июне 1469 года, пытаясь отвоевать отколовшиеся провинции.
Его старший сын Султан-Ахмед, занявший самаркандский престол, прославился тем, что мог пить 30 дней кряду, не забывая при этом совершать намаз. Находившийся под влиянием религиозных авторитетов, он совершенно не интересовался наукой. Именно при нем началась “утечка мозгов” из Самарканда в Герат и Малую Азию.
Али Кушчи, чей возраст уже приближался к 70-ти, тоже решился на переезд, считая своим долгом дальнейшую популяризацию рукописей своего учителя и друга Улугбека.
Турецкий султан предложил ему место ректора Стамбульского университета.
(Константинополь пал через четыре года после смерти Улугбека.)
Там, в Стамбуле, окруженный почетом и уважением, Али Кушчи умер в 1474 году.
После отъезда ведущих ученых самаркандская обсерватория превратилась в своего рода заброшенный объект, который, ввиду ее специфики, использовать для городских нужд не представлялось возможным.
Между тем, здание ветшало, осыпалось, создавало угрозу обрушения.