В 1642 году Кульпепер в качестве добровольца участвовал в сражении при Эджхилле на стороне Парламента. Во время осады Рединга он был ранен шальной пулей.
Победа Парламента в гражданской войне открыла для Кульпепера новые возможности. Фактическая отмена цензуры сделала возможным публикацию его работ, да и влияние Колледжа заметно уменьшилось. Кульпепер мечтал сделать лечение травами доступным для всех, а прежде всего для бедняков, которые не могли позволить себе обратиться к врачу. Поэтому в 1649 году он публикует свой перевод на английский «Pharmacopoeia Londinesis» Королевского Колледжа Врачей под названием «Врачебное руководство, или перевод лондонской аптеки», где он писал:
«Я пишу для печати перевод врачебной книги о лекарствах с латыни на английский для того, чтобы мои соотечественники и аптекари могли понять, что доктора пишут в своих рецептах. До сего времени они превращали лекарство в заговорщицкую тайну, выписывая рецепты на таинственной латыни, дабы скрыть невежество и произвести впечатление на пациента. Они желают сохранить свои книги в тайне, чтобы они не стали всем известны…»
В 1651 году Кульпепер публикует «Semeiotica uranica, или Астрологическое суждение о болезнях» и «Руководство для повитух или руководство для женщин при зачатии, вынашивании и вскармливании детей». Последняя тема была для него вполне актуальна. За 14 лет брака у него появилось 7 детей, но только одна дочь Мэри пережила его.
В 1652 он переводит с латыни на английский «Искусство врачевания» Галена и в том же году публикует «Catastrophe magnatum, или падение монархии», работу по мунданной астрологии, в основном посвящённую толкованию солнечного затмения 29 марта 1652 года.
5 сентября 1653 года Кульпепер закончил, пожалуй, самую главную книгу своей жизни – «Английский лекарь, или Астро-медицинский трактат о широко распространённых в этой стране растениях». Это большой травник, в котором для каждого растения указаны его внешний вид, место произрастания, время цветения и плодоношения и, конечно, его лечебные свойства. При этом для каждого растения приведена символическая связь с планетами и знаками Зодиака, а также первичными качествами и гуморами.
К тому времени здоровье Кульпепера сильно ухудшилось. Рана, полученная при осаде Рединга, вызвала туберкулёз, который вкупе с напряжённой работой превратил его, по словам очевидцев, в обтянутый кожей скелет. Немногим после выхода «Английского лекаря», 10 января 1654 года Кульпепер мирно скончался в своём доме в окружении своих близких. Ему было всего 38 лет.