Наиболее широкие изменения, касающиеся системы учреждений и органов, исполняющих наказания, расширения прав осужденных, условий отбывания наказания, мер поощрения и взыскания, были внесены в УИК РФ Федеральным законом от 9 марта 2001 г. № 25-ФЗ «О внесении изменений и дополнений в Уголовный кодекс Российской Федерации, Уголовно-процессуальный кодекс РСФСР, Уголовно-исполнительный кодекс Российской Федерации и другие законодательные акты Российской Федерации». Эти и изменения и дополнения УИК РФ, внесенные другими федеральными законами, направлены на дальнейшую демократизацию системы исполнения наказаний, гуманизацию самого процесса их исполнения, усиление охраны прав и законных интересов осужденных, приближение обращения с осужденными к международным стандартам.
С момента принятия уголовного и уголовно-исполнительного законодательства Российской Федерации ряд новелл не нашел своего воплощения в связи с отсутствием прежде всего экономических условий для исполнения отдельных видов наказаний. Это относится к таким наказаниям, как арест, ограничение свободы и обязательные работы. Но изменение ситуации позволило расширить перечень реально действующих наказаний. Поэтому Федеральным законом от 28 декабря 2004 г. № 177-ФЗ «О введении в действие положений Уголовного кодекса Российской Федерации и Уголовно-исполнительного кодекса Российской Федерации о наказании в виде обязательных работ» этот вид наказания в настоящее время введен в действие. В соответствии со ст. 5 Федерального закона «О введении в действие Уголовно-исполнительного кодекса Российской Федерации» от 8 января 1997 года № 2-ФЗ положения Уголовно-исполнительного кодекса Российской Федерации о наказаниях в виде ограничения свободы и ареста вводятся в действие Федеральным законом или федеральными законами по мере создания необходимых условий для исполнения этих видов наказаний, но при этом о наказании в виде ограничения свободы – не позднее 2005 г., о наказании в виде ареста – не позднее 2006 г. (в ред. Федерального закона от 10.01.2002 г. № 4-ФЗ).
Продолжаются преобразования и в уголовно-исполнительной системе. Указом Президента РФ от 9 марта 2004 г. № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» образована Федеральная служба исполнения наказаний, подведомственная Министерству юстиции Российской Федерации. В ведение этой службы переданы функции Министерства юстиции Российской Федерации по обеспечению исполнения уголовных наказаний, содержания подозреваемых, обвиняемых, подсудимых и осужденных, находящихся под стражей, этапирования, конвоирования, а также контроля за поведением условно осужденных и осужденных, которым судом предоставлена отсрочка отбывания наказания, за исключением функций по принятию нормативных правовых актов.