Общая часть проекта единого Транспортного кодекса РФ состоит из одного раздела «Общие положения», включающего восемь глав: гл. 1 «Основы транспортной деятельности», гл. 2 «Государственное регулирование в области транспорта», гл. 3 «Тарифы, сборы, плата на транспорте», гл. 4 «Перевозка пассажиров, багажа (грузобагажа) и почтовых отправлений», гл. 5 «Перевозка грузов», гл. 6 «Обеспечение транспортной безопасности», гл. 7 «Ответственность на транспорте», гл. 8 «Акты, претензии, иски». Структура Общей части проекта подчинена логике кодексовой формы. Поэтому в рамках общей части размещены главы, параграфы и статьи, в которых фокусируются общие положения, относящиеся ко всем видам транспорта.
В особенной части проекта единого Транспортного кодекса РФ нашли отражение соответствующие особенности правового регулирования отдельных видов транспорта. Это – гл. 9 «Особенности правового регулирования в сферах автомобильного и городского электрического транспорта», гл. 10 «Особенности правового регулирования в области железнодорожного транспорта», гл. 11 «Особенности правового регулирования в области воздушного транспорта», гл. 12 «Особенности правового регулирования в сфере внутреннего водного транспорта», гл. 13 «Особенности правового регулирования в сфере торгового мореплавания». Кроме того, в особенной части проекта содержатся разд. 3 «Прямые смешанные перевозки грузов» и разд. 4 «Заключительные положения». Всего в проекте единого Транспортного кодекса РФ 576 статей.
Далее при разработке концепции и подробной структуры проекта единого Транспортного кодекса РФ возник принципиальный вопрос: какие виды транспорта необходимо кодифицировать? Такой же вопрос был предметом рассмотрения у разработчиков проекта единого Транспортного кодекса Республики Казахстан.
В связи с этим интересным является мнение немецкого эксперта, изложенное в Консультативном отчете. «Наиболее необходимым в области частного транспортного закона является то, что ответ должен быть краток: как можно больше видов и, в лучшем случае, в едином кодексе; если возможно, объединенные в одну всеобъемлющую гражданскую кодификацию». Поэтому было предложено включить в Транспортный кодекс РК акты космического права и трубопроводного законодательства. Учитывая энергетические ресурсы (Tengiz oil и газовые месторождения) и космический центр на Байконуре, космическое право и законодательство в области транспортировки по трубопроводу представляют особый интерес для Республики Казахстан. Однако указанные разделы имеют особый характер, поэтому их включение в подробный (единый) Транспортный кодекс РК не является обязательным.