В X веке Афону византийскими императорами были даны охранительные грамоты. Святитель Афанасий Великий основал первую лавру на Афоне. В это время появились здесь и русские иноки, которые основали свою обитель. С XIII века Афон становится постоянным центром православного монашества.
В XV веке Афон подпадает под владычество турок. Много терпели монахи бедствий от латинян. Россия стала покровительствовать Афону, и к началу XX века там было уже пять тысяч русских иноков. Греки стали опасаться, что сильно увеличившееся население русских овладеет Афоном, хотя с охотой отдавали свои многочисленные полуразрушенные келлии, видя способность русского человека из развалин устраивать хорошие обители.
В 1852 году построен собор Покрова на Руссике. На Афоне есть церковное училище с функцией духовной семинарии. Иверская обитель была устроена преподобными Иоанном и Евфимием для грузин с благословения преподобного Афанасия, мать которого была грузинка, в месте, куда заходил корабль с Богородицей и апостолом. Рядом скит Предтечев, над ним Гавриилова гора, где в пещере жил преподобный Гавриил-грузин, увидевший с высоты приплывшую к Афону чудотворную икону. В XI веке при обители была устроена школа для мальчиков. Во время богослужения в праздники большая лампада сама совершает качание в знак общения небесного с земным, как благодатное знамение уже многих веков близости Богоматери – Хранительницы Афона. На Святой Горе бывают крестные ходы с чудотворными иконами Богоматери.
Для святогорца молитва есть его жизнь, и дыхание, и отдохновение; она непрестанная, и желание одно – стяжать Царство Небесное и любовь и передать и еллину, и иудею, варвару, скифу, рабу, свободному, дабы во всех и во всем прославлялся Христос (см.: Кол. 3, 11). Поэтому Святая Гора дорога всем нам как очаг молитвы за весь мир, ибо мир стоит молитвой и молитва низводит с неба благословение на все народы, молитва испрашивает изобилие плодов земных, и мир, и покаяние, и водворение добра, и истины, и любви.
Несмотря на все политические перевороты и четырехвековое мусульманское владычество на Востоке, Афон остался непоколебимым хранилищем Православной веры. Есть предание, что он останется таковым до скончания мира и пребудет вовеки неотъемлемым достоянием иноков.