Прибыв в Москву, Петр учинил новый розыск и не случайно начал его 17 сентября, в день имени Софьи. К ответу было привлечено 340 мятежников. Стрельцов пытали на дыбе, избивали батонами, выкручивали суставы, палили раскаленным железом.
Петр часто бывал в пыточной, сам допрашивал Софью.
В конце сентября начались казни: повсюду в столице рубили головы, вешали, колесовали. Меншиков хвастал, что лично отрубил 20 голов.
Софья была пострижена в Новодевичьем монастыре и стала монахиней Сусанной. По распоряжению царя коло сотни мятежников были повешены у окон ее кельи. Повсеместрно в Москве висели посиневшие трупы, валялись отрубленные головы, изуродованные тела колесованных. Петр запретил их убирать. Всего казнили около 800 стрельцов, многие были отправлены в ссылку.
В с релецком розыске Петр I проявил крайнюю жестокость. Он стремился навсегда покончить с необузданной силой старины.
Гнев царя пал на Шеина. Генералиссимус своей поспешной расправой помешал следствию, не дал возможности быстро уличить заговорщиков во главе с Софьей. Скорая казнь 56 главарей бунта, проведенная до приезда Петра, показалась ему подозрительной.
Стало известно, что Шеин за взятки производил в офицеры, незаслуженно раздавал награды и чины. Царь впал в неистовый гнев. Увидев Шеина на пиру, Петр выхватил шпагу и бросился с криком на Шеина: «Я с тебя сдеру кожу до ушей».
Выступивший в защиту воеводы старый воспитатель царя Никита Зотов тут же был ранен. Начальник Преображенского приказа Ромодановский, пытавшийся унять Петра, получил ранение в руку. Несколько ударов Петр нанес Лефорту. Лишь Меншикову насилу удалось успокоить монарха, но на другом пиру ему досталось: был избит царем до крови за то, что нарушил этикет и танцевал, не снимая сабли.
В конце августа 1698 г. Петр вернулся из Европы, где находился с Великим посольством. И здесь направился в Преображенское. На следующий день, 26 августа, вельможи, царедворцы явились к царю с поклоном. Он добродушно принял их, но здесь же, к великому изумлению собравшихся, собственноручно стал обрезать бороды. Сначала остриг генералиссимусу Шеина, затем Ромодановского, а потом дело дошло и до остальных.
То же повторилось на пиру у Шеина. Среди общего веселья царский шут с ножницами в руках хватал за бороду то того, то другого и мигом ее обрезал.