18 июля 1808 года Девятая русская духовная миссия выехала из Иркутска в Пекин. Предварительно отец Иакинф получил секретные инструкции от Коллегии иностранных дел. Кроме религиозной, научной и дипломатической деятельности, ему вменялось в обязанность вести разведывательную работу и докладывать об экономической и военной ситуации в стране. Свое назначение Бичурин принял с энтузиазмом, путешествие в неведомую страну, о которой ходили самые невероятные слухи, стало для него настоящим подарком судьбы.
Оказавшись в Китае, отец Иакинф обнаружил, что миссия находится в плачевном состоянии: православных осталось всего несколько десятков человек, хозяйство в упадке, финансов катастрофически не хватает. Он писал многочисленные рапорты Синоду, но его просьбы увеличить материальное содержание оставались без ответа; России, которой пришлось вести войну с Наполеоном, было не до Китая. О том, как тяжело жилось членам миссии, говорит хотя бы тот факт, что из одиннадцати человек, приехавших в Пекин, к моменту отъезда в живых осталось только пятеро.
Бичурин переносил лишения легче остальных, он с детства привык обходиться малым, к тому же исследовательский пыл затмевал для него бытовые невзгоды. С первых дней пребывания в Пекине он окунулся в окружающую жизнь: постоянно совершенствовал знание языка, заводил многочисленные знакомства, изучал старинные трактаты, своими глазами наблюдал нравы и обычаи китайцев, вращаясь в самых разных кругах.
Девятая миссия считается самой успешной с точки зрения проведенной исследовательской работы, и это целиком заслуга Никиты Бичурина.
В первые годы отец Иакинф пытался вести миссионерскую деятельность, проводил богослужения, переводил священные тексты на китайский язык. Но постепенно, по мере того, как его подчиненных одолевали болезни и пороки, а безденежье привело к полному разрушению храма, он оставил обязанности священнослужителя и сосредоточился на научной деятельности. Отец Иакинф составил первый китайско-русский словарь, который одновременно был и энциклопедией китайской жизни; перевел с китайского более десятка исторических трудов; создал подробное описание Пекина с картами; собрал большое количество материала о законодательстве, просвещении, религии и других областях китайской культуры, впоследствии переработав его в статьи и книги.