Для объяснения происхождения МКI предложены различные теории, рассматривающие как врожденный, так и приобретенный генез заболевания.
Теория «первичной аномалии нервных структур»
Gardner [82] предположил, что нарушение проницаемости крыши четвертого желудочка в процессе фетального развития приводит к растяжению мозгового и спинального отдела невральной трубки. Это ведет к увеличению зачатков желудочковой системы и каудальному смещению задних отделов ствола.
Daniel и Strich [64] и Peach [156] утверждали, что нарушение правильного генеза приводит к формированию аномального изгиба в области моста. Следствием этого, по их мнению, является значительное удлинение задних отделов ствола, IV желудочка и нижних отделов червя.
Теория «локального» увеличения отделов ствола головного мозга в патогенез МК, была поддержана в работах Patten [152] и Barry [40].
Gilbert [85] описал сочетание МКI c агенезией ядер ЧМН и проводящих путей в стволе головного мозга. По мнению Holinger [99] существует связь между подобными аномалиями и тем, что проводящие пути у таких пациентов более чувствительны к компрессионному воздействию и отсутствию нормального кровоснабжения.