Одновременно с выполнением работ по делимитации, демаркации и обустройству Государственных границ Беларуси с сопредельными странами, формировались и ее пограничные войска, необходимые для их охраны, так как ко времени провозглашения независимости, охраняемой была только граница Беларуси с Польшей – участок бывшей советско-польской границы, охрану которого осуществляли 16-й (управление – г. Гродно) и 86-й (управление – г. Брест) пограничные отряды и Отряд пограничного контроля «Брест» Краснознаменного Западного пограничного округа (управление – г. Киев) в составе 29 пограничных застав и 18 отделений пограничного контроля. Также на территории Беларуси дислоцировались Отдельный контрольно-пропускной пункт «Минск», осуществлявший пограничный контроль в трех международных аэропортах Беларуси, и части обеспечения Краснознаменного Западного пограничного округа – Авторемонтный завод и База хранения и снабжения (г. Дзержинск).
3 декабря 1991 г. в соответствии с Законом СССР «О реорганизации органов государственной безопасности» Главное управление пограничных войск КГБ при Совете Министров СССР было упразднено, а вместо него был образован Комитет по охране Государственной границы СССР с Объединенным командованием пограничных войск.
30 декабря 1991 г. на совещании уже глав государств – членов СНГ главнокомандующим пограничными войсками стран СНГ был утвержден генерал-полковник И. Я. Калиниченко. Однако его деятельность по сохранению единого пограничного пространства бывшего СССР и осуществление охраны внешних границ СНГ на взаимовыгодных условиях, не получила поддержки со стороны руководителей ряда уже независимых государств, принявших решение о разделе пограничных войск по территориальному принципу, согласно которому все части и подразделения, техника, вооружение и различные объекты инфраструктуры пограничных войск, расположенные на территории независимого государства, автоматически становились его собственностью (кроме Литувы, Латвии и Эстонии).