Приказ возвести еще два здания свидетельствовал о том, что Стамбул должен заменить Эдирне в качестве столицы Османской империи, и в то же время отражал претензии султана Мехмеда на место наследника имперских традиций и верховного правителя мусульман. На историческом месте древнего византийского Акрополя в 1459 году был заложен первый камень великолепного дворца, который должен был превзойти недавно законченный дворец на Бычьем форуме; последний известен ныне как Старый дворец. В 1463 году был заложен первый камень в основание монументального комплекса мечетей, носящего имя султана.
Дворец Топкапы, или Новый дворец, как его называли османы до XIX века, окружен высокой стеной и объединяет три больших внутренних двора, каждый со своими величественными воротами и внешними садами, в которых расположено несколько отдельно стоящих павильонов. Два первых двора предназначены для общественных церемоний и дворцовых ритуалов, тогда как за третьими воротами располагалась закрытая зона для султана и его семьи. План дворца напоминает план османского военного лагеря со святая святых султана в центре множества других строений, расположенных в соответствии с их основной функцией и местом в иерархии. Такая планировка, очень отличающаяся от современных западных дворцов, посредством архитектуры выражала дистанцию между султаном и его подданными. Несмотря на различные перестройки за прошедшие века, сегодня дворцовый комплекс в основном сохранился в первоначальном виде.
Дворец принес султану Мехмеду возможность уединения. Здесь он создал атмосферу загадочности и могущества власти, положения которой были сформулированы к концу его правления и должны были подчеркивать божественную природу правителя. Новые правила гарантировали, что с этих пор султаны будут еще реже появляться перед народом, чем предки Мехмеда, даже перед своими придворными. Эти правила были объединены в руководстве по дворцовому протоколу, определяющему иерархию и старшинство государственных мужей и чиновников султана, титулы, с которыми следовало к ним обращаться, порядок, в котором они целовали руку султана на религиозных празднествах. В этом своде не было положения о появлении султана перед подданными: он должен был скрываться за занавесом от пристальных взглядов своих государственных мужей на аудиенциях, назначаемых четыре раза в неделю для вручения прошений. В следующем столетии султан появлялся перед двором только на двух ежегодных религиозных празднествах.