Впрочем, восстановление Мехмедом византийского Константинополя в качестве османского Стамбула не требовало уничтожения всех следов былых времен. Скорее, он стремился наполнить прошлое новым смыслом, перестраивая византийские здания, религиозные и светские, для новых целей. Святая София была одной из шести церквей, превращенных в мечети после завоевания. Но сохранение многого из того, что вызывало воспоминания о связанном с неверными прошлом города, требовало обоснования, и Мехмед впоследствии инициировал написание мистической истории императоров, Соломона, Константина и Юстиниана, которые построили и перестраивали город. В тексте, или текстах, поскольку существовало множество версий, написанных в разное время, исламское настоящее рассматривалось как предопределенное профетической традицией пророка Мухаммеда и усиленное «обнаружением» шейхом Акшемседдином гробницы Айюба Ансари, соратника Пророка, принимавшего участие и погибшего во время неудачной арабской осады Константинополя в 668 году. Это чудо дало завоеванию султана Мехмеда религиозное обоснование.
Мехмед оставил свой след в городской архитектуре проектами больших зданий, присущих мусульманскому образу жизни. Большое значение, например, придавалось сооружению подобающей гробницы для Айюба Ансари во дворе мечети, построенной на том месте, где, как считалось, была обнаружена его могила, за городскими стенами в верхней части Золотого Рога, в квартале, в тюркифицированной версии называемом Эйюп[11]. В 1457–1458 годах у входа в город, известного византийцам как Порта Аурея, «Золотые Ворота», где городская стена, защищающая от нападений с суши, упирается в Мраморное море, была построена крепость Едикуле («Семь Башен»). Это были ворота, через которые Виа Игнатия, дорога из Рима, столицы Западной Римской империи, вела в Константинополь, столицу Восточной Римской империи. Поначалу в Едикуле держали провинившихся османских сановников, а с конца XVI века крепость стала печально известна как тюрьма для иностранных послов. Мехмед также приказал построить дворец в центре города, на месте византийского Воловьего форума, где сегодня расположены площадь Баязида и Стамбульский университет. Как и Едикуле, дворец был закончен в 1458 году. Строительство центральной части хаотичного комплекса, известного сегодня как Крытый базар, началось в 1460–1461 годах; часть арендной платы от расположенных там магазинов идет на содержание Айя Софии.