За подрывную деятельность был закрыт университет Санто-Доминго, самый старый в Западном полушарии. Католическая церковь потеряла всю собственность, а все священники-иностранцы (в основном, испанцы) были высланы из страны.
Такая политика насильственной ассимиляции только усиливала среди испаноязычных жителей острова осознание собственной культурной и национальной идентичности.
Бывшие белые землевладельцы массово эмигрировали на Кубу и Пуэрто-Рико, находившиеся в то время в составе Испании.
В 1825 году Бойер подписал с Францией договор о выплате 150 миллионов франков в обмен на признание независимости, и хотя эта гигантская сумма была снижена до 90 миллионов в 1838-м, ее выплата нанесла сильнейшей удар по экономике объединенной страны. Доминиканцев обложили тяжелыми налогами. Кроме того, гаитянские солдаты и офицеры обычно не получали регулярного жалованья и занимались повальными самочинными «реквизициями», активно используя оружие. Бывшие рабы не желали в принудительном порядке выращивать экспортные культуры, чтобы дать государству деньги, необходимые для расплаты с Францией.
Для выплаты долга (чтобы заплатить бывшей метрополии компенсацию, Бойеру пришлось занять у той же Франции 30 миллионов франков) гаитяне, по сути, ввели на всем острове крепостное право. Получавшие земли бывших белых плантаторов фермеры прикреплялись к своим участкам и должны были сдавать государству определенное количество сельскохозяйственной продукции.
Никакой демократии и стабильности гаитяне тоже не принесли. Формально в стране действовала скопированная с США демократическая конституция. Однако фактически испаноязычные жители были превращены в граждан «второго сорта»: они не имели права занимать высшие государственные должности, их свобода передвижения по стране была ограничена. Ночью действовал комендантский час, было запрещено передвигаться по острову большими группами.
Долгое время подавляющее военное превосходство гаитян не давало возможности бывшим жителям Испанского Гаити развернуть какую-либо оппозиционную, а тем более повстанческую деятельность. В 1838 году Хуан Пабло Дуарте, Рамон Матиас Мелья и Франсиско дель Росарио Санчес основали подпольное общество «Ла Тринитария» («Троица»)[23] с целью завоевания независимости от Гаити.
В 1843 году остров постигло очередное сильное землетрясение, которое послужило сигналом к восстанию населения франкоязычной части Гаити во главе с Шарлем Ривьер-Эраром. «Тринитарии» (число которых с 1838 года заметно выросло) поддержали восстание. 13 февраля 1843 года Бойер бежал на Ямайку, откуда перебрался во Францию.