В декабре 1864 года начались переговоры между испанцами и патриотами о выводе войск. 3 марта 1865 года королева Изабелла (бывший сторонник экспансии премьер О'Доннел к тому времени покинул пост) отменила свой собственный декрет об аннексии Санто-Доминго. 10 июля 1865 года испанские войска стали отплывать из страны, так что к концу месяца солдаты бывшей метрополии совершенно покинули доминиканскую землю.
Война опустошила восстановленную республику. Десятки городов и деревень лежали в руинах. Реальной центральной власти не было: примерно с десяток бывших (зачастую самозванных) генералов контролировали различные районы, опираясь на преданных им солдат. Среди царившей повсеместно политической смуты и беспорядков отчетливо проявлялась одна организующая сила – вражда между сторонниками Баэса и Сантьяго. На юго-востоке богатый скотовод Цезарео Гильермо собрал вокруг себя бывших генералов Сантаны. Хосе Мария Кабрал на юго-западе объединил сторонников Баэса, опираясь на богатых торговцев ценными породами дерева. Герой войны за независимость Грегорио Луперон контролировал север[33].
Либералы с севера, выступавшие за рыночные реформы и демократический режим, образовали «партию голубых» – на деле, скорее, не партию, а аморфное движение, опиравшееся на авторитет ряда генералов, в первую очередь Луперона. Помещики-скотоводы с юга стали называть себя «партией красных». Их возглавил Баэс, который по-прежнему не верил в независимость своей родины и был преисполнен решимости снова отдать ее под протекторат, предпочтительно американский. Будучи истинным патриотом, Луперон ненавидел Баэса, и тот отвечал ему взаимностью.
После ухода испанцев в 1865 году и до 1879 года в Доминиканской республике власть менялась 21 раз. Произошло около 50 вооруженных выступлений и мятежей. Страна по-прежнему оставалась «несостоявшимся государством».
Войска генерала Кабрала первыми вступили в Санто-Доминго, и Кабрал немедленно отстранил от власти Пиментела. Однако всего через несколько недель другой генерал, Гильермо возглавил мятеж против Кабрала и в поддержку Баэса, который и занял президентское кресло в октябре 1865 года. Весной 1866 года «красного» Баэса свергли «голубые» северяне под руководством Луперона. Последний вернул власть народу, и президентом в 1867-м снова стал Кабрал. Но составленный из «голубых» кабинет Кабрала не устроил «красных», которые восстали против президента и свергли его в 1868 году.