В 1866 году Скобелев подает прошение о зачислении в Николаевскую академию Генерального штаба и в этом же году блестяще сдает вступительные экзамены.
Созданная Николаем I в 1832 в качестве «центральной стратегической школы» и укомплектованная преподавательским составом, утвержденным лично им, академия готовила высший командный состав для русской армии, исходя из формулы: плац, парад, палка. Крымская война 1853–1855 гг. со всей очевидностью доказала, что эта формула исчерпала себя. Стало ясно как Божий день, что военная система России нуждается в глубоких и осмысленных преобразованиях. Горечь поражения поддерживала их необходимость и в цепи Великой реформы они занимали одно из важнейших звеньев.
В Крыму случился парадокс. По военным дарованиям морские военачальники – адмиралы В. А. Корнилов, П. С. Нахимов, В. И. Истомин – оказались на голову выше, чем их собратья по оружию, стоявшие во главе армий и дивизий. Их имена, за редкими исключениями (С. А. Хрулев, М. Д. Горчаков), канули в Лету, реку забвения. Так неужели оскудела на воинские таланты Россия? Неужели поубавилось природной смекалки у оружейных и пушкарских дел мастеров? Неужели иссякло желание юных дворян служить Отечеству верой и правдой? Конечно, нет!
Государство вынуждено было поднатужиться, в чем-то поприжать землевладельцев, обложив их дополнительными налогами, но деньги в копилку на реформы вооруженных сил поступали исправно. В обществе существовало единодушие, которое зиждилось на том, что без боеспособной армии Россия немыслима.
А между тем в подготовке костяка, офицерского корпуса, имелось множество недочетов. В большинстве случаев «недоросли из дворян» с гимназической скамьи, как, например, Скобелев, поступали в полки юнкерами или вольноопределяющимися. Рост по службе юношей определялся «правом происхождения». Малоимущие и не отмеченные знатностью дворяне отдавали своих отпрысков в губернские кадетские корпуса. В них будущие офицеры получали лишь основы военных знаний, а затем должны были держать экзамены либо в Дворянский полк, либо в специальные военно-учебные заведения, какими являлись Михайловское артиллерийское и Николаевское инженерное училища. Не осилившим программу обучения в кадетских корпусах предстояло тянуть унылую лямку армейской службы. А она далеко не всем казалась фунтом изюма, и поместное дворянство ежегодно пополнялось военными, уходившими в отставку. Академические познания удавалось получить считанным десяткам офицеров.