Конечно, такое положение дел не могло не беспокоить Александра Второго и реформа военно-учебных заведений находилась под пристальным вниманием императора. Еще в бытность профессором военной академии Д. А. Милютин в ряде своих записок-проектов ставил вопрос о существенном изменении ее программы и методики преподавания. Академический курс грешил педантизмом, школярством, отрывом от практики. Милютин настаивал на том, чтобы «офицеры Генерального штаба знали внутреннее устройство войск, владели механизмом войскового управления». Теоретизирование уходило в прошлое, а на смену ему пришла твердая программа подготовки высокообразованных офицеров. Она прежде всего делала упор на знание картографии, на построение расчетов не наобум, а исходя из законов математики. Все предметы, изучаемые в академии, были поделены на две группы. В основную входили: тактика, стратегия, военная история, военная администрация, военная статистика, геодезия. Вспомогательная группа предполагала изучение артиллерийского и инженерного дела, политической истории и иностранных языков. В академии укрепилась практика военных игр на карте и макетах местности. Надо ли говорить, как это способствовало развитию воображения будущих военачальников! Число офицеров, ежегодно принимаемых в стены академии, не превышало пятидесяти человек. Но претендовать на право сдавать вступительные экзамены мог лишь только тот, кто имел за плечами четырехлетний багаж офицерской службы.
Скобелев учился в академии Генштаба, когда ее возглавлял генерал-майор А. Н. Леонтьев. В официальных источниках время пребывания его на этом посту оценивается как эпоха ее расцвета. Уже то, что академические кафедры возглавляли видные военные теоретики России Г. А. Леер[10], М. И. Драгомиров, а к числу предметов добавились русская литература и международное право, свидетельствует о серьезных намерениях дать выпускникам довольно обширный багаж знаний.
В академии Скобелев с трудом подходил под общую мерку. Существовало как бы два Скобелева: один – сама скромность и непритязательность. Жесткая кровать, образок Богородицы в изголовье, подсвечник, множество книг, рояль, на котором он изредка играл, – вот и все, что имелось в его холостяцкой квартире. Другой – безудержное буйство, всевозможные проделки, которые доставляли немало хлопот родным, шумные офицерские пирушки с обильными возлияниями и похождениями, иногда с драматическими финалами. Товарищи ценили его, начальство и преподаватели считали его способным, но ленивым. На самом же деле Скобелев занимался с огромным рвением тем, что его привлекало, и часто пренебрегал теми требованиями, которые предъявляли к нему некоторые академические педанты. Одно время в профессорской даже высказывалось мнение о его исключении, поскольку он «совсем бросил ходить на лекции, а рапорта о болезни не присылает, да и гуляет по городу. Просто невозможный шалопай». Способ пассивного сопротивления казенщине, выбранный Скобелевым, может показаться несколько странным, если учесть, что по истории военного искусства, по военной и политической истории, русскому языку и литературе, по иностранным языкам и вообще по предметам общего образования он имел высшие баллы и был в числе первых.